DED'S COVER DEFINITIEF OP EDITIE MOLECULAR CELL

Het was even wachten, want mijn artikel in Molecular Cell stond al op 6 november jl. online. Was effe een rare gewaarwording, want ik had erop gerekend dat ded's cover ook erbij te zien zou zijn. Wat snel mailverkeer met de USA stelde me gerust. En werd toegezegd dat met het verschijnen van de papieren versie (het magazine, dus) op de cover ook ded's ontwerp zou staan. En daarnaast ook nog op de online editie zou verschijnen. Afgelopen donderdag 20 november was het dus zover. Het embargo op de afbeelding is opgeheven. Dus ook op deze website kan alles gepubliceerd. Het origineel is gemaakt op dit geschept papier (400 grams) in formaat 60x80 cm. De gebruikte verf is acryl. Hieronder eerst het originele ontwerp in extra groot formaat.

Voordat het zover was moest de concurrentie aangegaan worden met andere ontwerpers. Maar al meer dan een maand geleden kwam de toezegging van Eric Robbins, de Copy Editor van Cell Press:

Dear Dr. Staals,

Congratulations! The editors have decided to feature your artwork on the November 20 issue of Molecular Cell. ByWednesday, October 22 at 3 PM EST US, can you please send us the following materials?

A high-resolution (of at least 300 dpi), art-only version of this cover submission (Staals-et-al-July-2014-Revision-Cover-Art-2.tif). Please do not include any cover logos or headlines on this art file. Files with layers in the PSD or TIFF formats are preferable. Please email me when the file has been uploaded to our FTP site.

Daarnaast is in het Amerikaanse blad natuurlijk ook mijn artikel te lezen. Voor de liefhebbers, een verwijzing naar de website van Molecular Cell. Klik op: Molecular Cell
De afbeelding kan ook daarin vergroot worden weergegeven. Klik dan op de afbeelding, en verder op: Enlarge Cover.
Ik heb er ook nog een korte toelichting bij geschreven:

CRISPR-Cas is a prokaryotic defense system against invading genetic elements. In T. thermophilus, multiple Cas proteins and a crRNA guide form an effector complex that recognizes and cleaves invader RNAs at multiple sites, as covered in this issue by Staals et al. (PAGE NUMBERS HERE?). The cover image shows an artistic impression of the Type III-A effector Csm complex from T. thermophilus. The different subunits of this complex are depicted in different colors with the invader RNAs are shown at the background. Cover art by Gerard W.M. Staals (www.gerardstaalsart.nl).

In alle opzichten een leuke 'performance'. Tegelijkertijd is op dit ogenblik de productie van mijn proefschrift in het laatste stadium beland. Ook daar wordt er artistiek op familieniveau aan gewerkt. Opnieuw heeft ded de omslag ontworpen, in de inmiddels bekende kleuren. In dit geval heeft ook Lucien zijn steentje bijgedragen: hij heeft met Adobe Photoshop de belettering vormgegeven. De rest van het boek (het worden 206 pagina's) heb ik zelf vol geschreven. Na 9 januari 2015 kan iedereen het lezen. Blij dat er een einde komt aan een langdurig proces. Maar de aanhouder wint. Voor de promotie moet er nog wel het een en ander geregeld worden, maar dat kan gelukkig in een wat rustiger tempo dan de afgelopen tijd. Het afronden van mijn proefschrift kostte meer tijd dan voorzien. Ik heb het boek zelf nog niet in handen gehad. In Grubbenvorst iedereen wel, want daar is op 21 november een papieren drukproef afgeleverd. Voor eventuele allerlaatste correcties. Deze week gaat het effectief gedrukt worden.

CHRISTMAS - NEW YEAR FLIGHT GEBOEKT

Afgelopen vrijdag de knoop doorgehakt: mijn vlucht naar Nederland en retour Nieuw Zeeland geboekt: 14 december 2014 vertrek uit Dunedin en 15 januari 2015 ben ik er weer terug. Hieronder het vluchtschema.

Sunday 14 December 2014

* Flight Dunedin to Auckland

6:00 PM Air New Zealand - Flight NZ0674

Depart: Dunedin - 6:00 PM (1800 hrs)

Arrive: Auckland - 7:45 PM (1945 hrs)

Flight Time: 1 hour 45 minutes; het vliegtuig is een:

Airbus A320 - Air New Zealand

* Flight Auckland to Tokyo

11:55 PM Air New Zealand - Flight NZ0095

Depart: Auckland - 11:55 PM (2355 hrs)

Arrive: Tokyo Narita Apt - 7:30 AM (0730 hrs), Monday 15 December 2014

Flight Time: 11 hours 35 minutes; het vliegtuig is een:

Boeing 767-300 Air New Zealand

Monday 15 December 2014

* Flight Tokyo to Zurich

11:10 AM Swiss - Flight LX0161

Depart: Tokyo Narita Apt - 11:10 AM (1110 hrs)

Arrive: Zurich - 3:50 PM (1550 hrs)

Flight Time: 12 hours 40 minutes; het vliegtuig is een:

Swiss Airbus 340-300

* Flight Zurich to Amsterdam

5:30 PM Swiss - Flight LX0734

Depart: Zurich - 5:30 PM (1730 hrs)

Arrive: Amsterdam - 7:15 PM (1915 hrs)

Flight Time: 1 hour 45 minutes; het vliegtuig is een:

Swiss Airbus 320

---------------------------------------------------------------

Tuesday 13 January 2015

* Flight Amsterdam to Zurich

9:50 AM Swiss - Flight LX0725

Depart: Amsterdam - 9:50 AM (0950 hrs)

Arrive: Zurich - 11:20 AM (1120 hrs)

Flight Time: 1 hour 30 minutes

* Flight Zurich to Shanghai

1:05 PM Swiss - Flight LX0188

Depart: Zurich - 1:05 PM (1305 hrs)

Arrive: Shanghai Pu Dong - 7:55 AM (0755 hrs) Wednesday 14 January 2015

Flight Time: 11 hours 50 minutes

Wednesday 14 January 2015

* Flight Shanghai to Auckland

7:35 PM Air New Zealand - Flight NZ0286

Depart: Shanghai Pu Dong - 7:35 PM (1935 hrs)

Arrive: Auckland - 12:10 PM (1210 hrs) Thursday 15 January 2015

Flight Time: 11 hours 35 minutes

Thursday 15 January 2015

* Flight Auckland to Dunedin

3:30 PM Air New Zealand - Flight NZ0673

Depart: Auckland - 3:30 PM (1530 hrs)

Arrive: Dunedin - 5:25 PM (1725 hrs)

Flight Time: 1 hour 55 minutes

DE HELE FAMILIE VIERT LUCIENS VERJAARDAG. ONLINE.

De moderne communicatiemiddelen maken het gemakkelijk om bijna in real time over een afstand van 19.000 kilometer te communiceren. De aanleiding is deze keer Lucien 27e verjaardag. De Benjamin als Oude Bok, want richting 30 al. Op de elfde van de elfde viert hij zijn verjaardag. Voor het eerst sinds jaren zal hij niet dronken worden, die dag. Sterker nog: met zijn vader fietst hij de hele dag onder een grauwe lucht. Van de Zwarte Plak in Grientsveen naar het Duitse soldatenkerkhof in IJsselstein. En als lunch een kop pompoensoep met gehaktbrood, weg te spoelen met een 'paterke' (ja, een soort Trappist, dat dan weer wel).

Peelvoedsel. Zijn vader werkt een volledige knapzak weg daar in café De Morgenstond: boerenbrood met gebakken spek en ei, en bloedworst met kaantjes. Ja, andere tijden. 'Normaal' gesproken zou Lucien, verkleed als dorpsgek of nog erger, met zijn drinkvrienden van café naar café zwalken. Om ver na middernacht in coma achterover te vallen op zijn nest. Niets van dit alles vandaag. Braaf met mum&ded, en zelfs Maurice, Karlijn en Litte Emma voor de webcam 's avonds, om Raymond in de gelegenheid te stellen hem te feliciteren. Raymond is dan al een dag verder in de tijd, zit aan het ontbijt, maar is nog ruimschoots op tijd om Lucien op zijn eigen verjaardag te feliciteren.

Bij Raymond schijnt de zon volop. Door de open ramen is het het alsof zijn kop in felle spotlights staat. Met zijn eigen webcam zwenkt hij nog even opzij om een beeld van de baai en de omliggende bergen te geven. Fraai weer. In Grubbenvorst heeft de nacht en de kou zich meester gemaakt van het buitengebeuren. Volop herfst. Lente in Dunedin. 

Voordat Raymond naar zijn werkt wandelt (naar beneden, downtown) nemen we dus een 20-tal minuten tijd om te skypen. Little Emma gedraagt zich voorbeeldig: zet in ieder geval geen luide keel op als ze Raymond op beeld ziet verschijnen. Maurice heeft alle voorzorgsmaatregelen genomen: een flinke fles drank (melk) erin. Koest, dus. En een beetje zwaaien voor de webcam naar Raymond, met ondersteuning. De tijd gaat snel, en Raymond moet nu toch echt nokken. Jammer, maar in december hebben we meer tijd, als Raymond weer de halve wereld afreist om in Grubbenvorst te komen. Voor de kerstdis. En voor zijn promotie op 9 januari in Nijmegen. Als alles loopt zoals het voorlopig in de planning zit, zal hij bijna een maand de hort op zijn. 


Met de drukproeven van zijn proefschrift gaat het voorspoedig. De opmaak is nagenoeg al helemaal afgerond. Een fiks tempo, maar op 9 december moet alles panklaar en gedrukt bij de pedel van de Radboud Universiteit in Nijmegen liggen. Lucien en ik hebben de cover verder afgemaakt: druk-klaar nu, en in pdf aangeleverd bij Boxpress in Den Bosch. Alles ligt op schema tot nu toe. Maar er moeten ook nog een aantal dingen geregld worden met de Radboud Universiteit. En Raymond en Maurice (hij zal voor paranimf gaan spelen) gaan nog een fraai kostuum huren voor die gelegenheid.

NIEUWE CRISPR PUBLICATIE IN MOLECULAR CELL

Nieuwe publicatie in Molecular Cell, maar het is ook nog even wachten op de printverversie van het Amerikaanse blad. Want, als alles gaat zoals het is beloofd, staat de door ded ontworpen cover op de editie van 20 november. Tot dan maar even geduld hebben.
Voor een eerste blik op het artikel (met een korte samenvatting in het Engels), zie de online versie van 6 november 2014; klik ook op :
publicatie in Mol Cell

Highlights

• •TtCsm and TtCmr complexes share similar crRNA guides
• •Architecture of TtCsm resembles that of Type I and Type III-B complexes
• •TtCsm degrades target RNA in a stepwise fashion, analogous to Cmr complex
• •TtCsm crRNA guides appear to lack a Type I-like seed sequence

Summary

CRISPR-Cas is a prokaryotic adaptive immune system that provides sequence-specific defense against foreign nucleic acids. Here we report the structure and function of the effector complex of the Type III-A CRISPR-Cas system of Thermus thermophilus: the Csm complex (TtCsm). TtCsm is composed of five different protein subunits (Csm1–Csm5) with an uneven stoichiometry and a single crRNA of variable size (35–53 nt). The TtCsm crRNA content is similar to the Type III-B Cmr complex, indicating that crRNAs are shared among different subtypes. A negative stain EM structure of the TtCsm complex exhibits the characteristic architecture of Type I and Type III CRISPR-associated ribonucleoprotein complexes. crRNA-protein crosslinking studies show extensive contacts between the Csm3 backbone and the bound crRNA. We show that, like TtCmr, TtCsm cleaves complementary target RNAs at multiple sites. Unlike Type I complexes, interference by TtCsm does not proceed via initial base pairing by a seed sequence.

NAGEKOMEN BERICHTEN UIT FAR DOWN UNDER

Om verschillende redenen is het een hectische periode. Terwijl mijn werk aan de University of Otago meer dan de volle aandacht vraagt, had ik de afgelopen weken ook nog de zorg voor het adequaat en op tijd aanleveren van mijn artikel in Cell. Op het laatst eisten de Yanks nog dat de resolutie van het coverontwerp, gemaakt door mijn vader, in een veel hogere resolutie diende te worden aangeleverd. De afbeelding moest als RAW- of TIF-bestand worden aangeleverd. Daarvoor werd amper vijf uur de tijd gegeven. Terwijl ik op het punt stond het bed op te zoeken, immers voor mij laat op de avond. Uiteindelijk is het allemaal op de valreep gelukt. Ded heeft nieuwe opnamen gemaakt en die opgestuurd. Oef!

Een ander veel tijd vergend project is nog steeds mijn promotie in Nijmegen, gepland op 9 januari 2015. Aanpassingen aan het proefschrift, en het afwerken van een aantal zaken zoals dankwoord, referenties, lijst van publicaties, cv kosten allemaal extra tijd. Maar vooral het opnieuw verwerken van alle afbeelding, ook die in een hoge resolutie aan te leveren, koste me zowat een weekend. Terwijl ik op de Taieri Gorge Railway, mijn verjaardagscadeau, had willen stappen. Het weer was prachtig op zondag, maar helaas.

De afgelopen tijd dus weinig tijd gehad om buitenshuis te ontspannen. Wel waren er andere avondactiviteiten waar ik mijn kop moest laten zien: het afscheid van Anne (terug naar Nederland), ik heb nog een presentatie gehouden voor de board van de universiteit, uiteraard met diner na afloop, en ook mijn nieuwe huisgenoot Sebastian kan ik niet zo maar links laten liggen. Hij heeft inmiddels verschillende mogelijke woonruimtes bezocht, en zal dus misschien op korte termijn op zichzelf wonen. En uiteraard moet ik boodschappen doen, vaak laat ik me dan per taxi terug naar huis rijden. Een paar dagen geleden kreeg ik bij het inladen de laadklep (achter) tegen mijn voorhoofd, met een kleine hoofdwond tot gevolg.

Een paar weken geleden kreeg ik ook nog wat foto's door van het congres in Zürich (juli), o.a. een groepsfoto waarop alle deelnemers te zien zijn. Een behoorlijk groot gezelschap. Het was even zoeken, maar ik kon me terug vinden.

Voor mijn verjaardag op 16 oktober kreeg ik verschillende kaarten toegestuurd. Gewoon met de post, en dat is een wereldreis voor zo'n stuk papier. Die van petekind Emma was te laat, maar ik neem het haar toch maar niet kwalijk. Misschien moet ik de vader er maar eens op aanspreken, dat hij zijn eigen kind op tijd die kaart laat schrijven. Die van mum en ded was er zelfs een dag voor mijn verjaardag, met de vermelding dat mijn cadeau per trein zou komen. Dat was dus de Taieri dagtrip van Dunedin naar Middlemarch. Omdat het langzaam meer zomer wordt hier, krijg ik hopelijk binnenkort echt de gelegenheid om de voucher te verzilveren. Sterker nog: ik mag er 2 verzilveren, want ik mag ook nog een reisgenoot meenemen.