9 JANUARI 2015: THAT'S THE DAY!

Identificatie van nieuwe enzymen betrokken in het RNA-metabolisme van menselijke cellen. PROMOTIE RAYMOND STAALS

Datum: vrijdag 9 januari 2015

Tijd: vanaf 16:30

Locatie: Academiezaal Aula, Comeniuslaan 2

Faculteit: Faculteit der Natuurwetenschappen, Wiskunde en Informatica

Promovendus: de heer drs. R.H.J. Staals

Promotor: prof. dr. G.J.M. Pruijn

Subtitel Proefschrift: It’s like Dis! -Ribonucleases associated with the human RNA exosome-

Beschrijving: Identificatie van nieuwe enzymen betrokken in het RNA-metabolisme van menselijke cellen.

RNA-moleculen spelen een fundamentele rol in de cellen van alle levende organismen, van bacteriën tot zoogdieren. Deze RNA-moleculen zijn kopieën van een klein deel van het DNA, waar erfelijke informatie op is vastgelegd. In levende cellen wordt er voortdurend nieuw RNA aangemaakt en overtollig RNA verwijderd. Bij het 'rijpen' en afbreken van RNA is een eiwitcomplex betrokken dat het RNA exosoom genoemd wordt. Het RNA-exosoom kan dit echter niet alleen en is afhankelijk van een set enzymen om het RNA te kunnen aanpassen of afbreken. In zijn proefschrift beschrijft Raymond Staals de bijdrage van deze “Dis” enzymen aan de activiteit van het exosoom in menselijke cellen. Hij ontdekte twee nieuwe leden van de Dis-enzymfamilie en een nieuwe RNA-afbraakroute, waarbij een van de nieuw geïdentificeerde Dis-eiwitten een cruciale rol speelt. Dit onderzoek levert een belangrijke bijdrage aan onze kennis over het RNA-metabolisme in zoogdiercellen.

Biografie

Raymond H.J. Staals ( Grubbenvorst 1979) studeerde biologie aan de Universiteit van Utrecht. Tussen 2005 en 2006 heeft hij gewerkt op het Blariacumcollege te Venlo als leraar biologie (bovenbouw van het HAVO en VWO). Van 2006 tot 2011 was hij promovendus bij Biomoleculaire Chemie van de Radboud Universiteit. Aansluitend was hij Research Fellow in het Laboratorium voor Microbiologie op de Universiteit van Wageningen en sinds maart 2014 is hij met een 'Health Science Career Development Postdoctoral Fellowship' van de Universiteit van Otago postdoc in Nieuw-Zeeland.

THE LONGEST DAY: ON THE ROAD NAAR GRUBBENVORST

Vanmorgen, zondag 14 december - Nederlandse tijd 06.00 uur (de hierboven vermelde tijd is de New Zealand Daylight Time), is Raymond vertrokken vanuit Dunedin. Eerst een binnenlandse vlucht naar Auckland, in 1,45 uur. Hij vertrekt uit Dunedin met veel zon, in Auckland is het bewolkt. Vlak voor zijn vertrek (04.04 uur) Whatsappt hij vanaf Dunedin Airport: Kortste deel van de reis zit er op. Ben nu op Dunedin Airport. Over 2 uur vlieg ik naar Auckland. Hij doet er ook nog een selfie bij.

Uiteraard Whatsappen we (Maurice, Karlijn, Gemma, Lucien en ik) terug. Om 09.17 uur Whatsappt hij opnieuw, nu vanuit Auckland: Bedankt allemaal. De echte lange vluchten moeten nog beginnen. Heb nu de internationale luchthaven van Auckland bereikt. Ga nu door de paspoortcontrole. Tot snel.
Toch zal hij nog drie uur moeten wachten, voordat de volgende vlucht (naar Tokyo) de lucht in gaat. Op de volgende selfie staat hij dus met een mega-glas bier in de hand. Zo, lekkrr biertje!, Whatsapp Gemma, Nemen ze je dadelijk wel mee? Het antwoord volgt snel: Hehe, je moet toch wat doen om in een vliegtuig te kunnen slapen. 
De vlucht van Auckland naar Tokyo duurt 11 uur en 35 minuten. Het vertrek vanuit Auckland staat gepland om 11.55 PM, dat is is dus rond het middaguur hier, want hier tijdsverschil met Nieuw Zeeland is exact 12 uur. Makkelijk rekenen. Om 10.33 uur meldt hij zich alweer: Gate gaat over 30 open nog ff w88 dus helaas. Ben wel al een beetje moe aan het worden. Waarop Gemma reageert met: Hoop dat je dan net zo lang slaapt als je broertjes, die liggen nog onder zeil... Ze zal wel vooral Lucien bedoelen, want die hoorden we rond 5 uur vanmorgen de trap op stommelen. Met vrienden het Venlose nachtleven ingedoken, dan weet je het wel. Maurice zal ze zeker niet bedoelen, want die heeft sinds 5 juli een megafoon-wekker in huis, met de nummerplaat: Emma. 
Om 11.10 uur meldt Raymond zich weer, inclusief een foto van de gate: Dit is de gate van het vliegveld. Ga zo aan boord. Spreek jullie weer in Tokyo! Met een vertraging van 25 minuten zit hij iets meer dan een uur later in de lucht. Om kwart over twee 's middags zie ik op de Live-Vlucht Tracking van FlightAware dat de Boeing- 767-300 van Air New Zealand inmiddels 1395 kilometer heeft afgelegd, nog 7451 te gaan naar Tokyo. 

Status	Onderweg (1.395 km afgelegd; nog 7.451 km te gaan)
Vliegtuig	Boeing 767-300 (tweemotorige jet) (H/B763 – foto's)
Snelheid	415 kts (gepland: 447 kts) (grafiek)
Hoogte	30.000 voet (gepland: 38.000 voet) (grafiek)
Afstand	Rechtstreeks: 8.846 km    Gepland: 8.977 km
Cabine	Business / Economy: Maaltijd, Ontbijt

Niet veel later meldt Raymond zich weer met een foto van de gate, en schrijft via Whatsapp:  Dit is de gate op het vliegveld. Ga zo aan boord. Heb raamplaats. Spreek jullie weer in Tokyo! De verwachte aankomsttijd op het vliegveld Narita van Tokyo is 07.30 uur plaatselijke tijd. Daar 3,5 uur wachten op de volgende vlucht, naar Zürich. Even later meldt ook Maurice meldt zich in het Whatsapp luchtruim: Ha Mookie! Wat een vluchtschema zeg. Hopelijk zijn er wat leuke stewardessen aan boord. Succes.

Rond middenacht (onze tijd) landt hij in Tokyo. Lucien Whatsappt hem alvast welkom: Ff aan de sushi. Overmorgen wordt het Hollandse kost. Waarop ik aanvul: Braadworst! Om 23.48 uur Whatsappt Raymond: Hai! Net geland hier in Narita, Tokyo. Wel wat geslapen in het vliegtuig. Even door de customs heen nu... En drie kwartier later: Ga even wat drinken en dan naar de volgende stop: Zürich. De bijgevoegde foto vertoond een meer dan strakblauwe lucht boven Tokyo. En er is meer opmerkelijks voor hem: Maffe toiletten hier: voorverwarmde zitting en bilspoeling functie. Een foto levert het bewijs, weliswaar zonder de actie waarbij hij zijn anus een douchebeurt geeft. Blijkbaar heeft hij andere behoeften, verwijzend naar de US-dollars die ik hem in juli heb meegegeven: Enne ded, die US dollars komen me nu goed van pas. 

Het loopt al tegen enen (00.54 uur) als Wolph zich ook mengt in het Whatsapp luchtruim: Deddy ligt te maffen naast me. Zet de bloemetjes maar buiten met je dollars. Nog goede vlucht straks. Waarop ik natuurlijk meteen klaarwakker ben. Hoor Wolph beneden in de kamer met Lucien delibereren. Ik naar beneden. Waarop Lucien weer zijn mobiele toetsenbord hanteert: Die gekke Aziaten... De oudjes hier zijn aan het nachtbraken, merk ik. Hoe smaakt de Japanse pleur, Raymond? Maar al voordat ik naar beneden gelopen ben, stuur ik mijn eigen bericht naar Japan: Deddy is dag en nacht wakker. Voor als de Russen binnenvallen. Of de Moffen weer. Onze nachtrust mag dan onderbroken zijn, Raymond zal bij aankomst op Schiphol meer gesloopt zijn. Gelukkig heeft hij in het vliegtuig wat kunnen slapen. En hopelijk zal dat ook gebeuren op de volgende lange vlucht naar Zürich. En zijn er een aantal stoelen onbezet, waardoor hij letterlijk even gestrekt kan gaan. Maar weer even terug naar Raymonds verbijstering over onze nachtbrakerij. Hij moet wel denken dat we gek zijn dan we hem op de voet volgen in de lucht. De grootste verbijstering zit hem er natuurlijk in, dat dat allemaal mogelijk is in deze tijd.

Raymond kan zijn verbijstering onmiddellijk kwijt: Haha. Ga toch slapen allemaal en zet die wifi uit. Japanse pleur smaakt prima overigens, maar kijk ook alweer uit naar een vertrouwde bak DE. Lucien grijpt in, en Wahtappt retour: Heb er al 1 naar bed gestuurd, Raymond! De ander moet eerst nog een glas rode wijn leeg drinken. Raymonds antwoord volgt meteen: Ah, proost in dat geval. Ik ga nog wat van zijn dollars verbrassen. En stuurt een foto van zijn al gereedstaande Swiss Airbus mee. Even daarvoor heeft Lucien hem al een foto van mij en Wolph gestuurd, met de ondertitel: The Ghostbusters! Die foto publiceren we hier maar niet. We zijn Onno Hoes niet!

Vlucht LX0161 van Swiss Air vertrekt exact op tijd naar Zürich. Zwitserse precisie. Zijn ze aan hun stand verplicht. De viermotorige Airbus A340-300 zit ruim 9600 kilometer in de lucht, en vluchtschema vermeldt dat hij er 12 uur en 40 minuten over gaat doen. Geplande aankomsttijd 3.50 uur PM. 
Als ik rond half negen beneden kom voor het ontbijt (buiten is het opnieuw grauw en grijs) zie ik dat Raymond ergens in het luchtruim boven Siberië hangt. Veilig in de handen van Vladimir Poetin, dus. Een uur later biedt de website van FlightAware de volgende informatie: 

Status	Onderweg / Op tijd (4.664 km afgelegd; nog 4.944 km te gaan)
Vliegtuig	Airbus A340-300 (viermotorige jet) (A343 – foto's)
Snelheid	404 kts (gepland: 421 kts) (grafiek)
Hoogte	33.000 voet (grafiek)
Afstand	Rechtstreeks: 9.605 km    Gepland: 9.603 km

Om 10.10 (vanmorgen, maandag 15 december 2014) is dit het volgende beeld op onze thuisradar. Moskou nadert. Maar tijd voor een biertje met Vladimir zal hij niet hebben. Dat laten we graag aan Willem Alexander over. Of aan Camiel, de gevallen luchtacrobaat.

Om 3.50 uur 's middags landt het volgens plan in Zürich. In juli van dit jaar was hij er ook al eens (een week) vanwege een wetenschappelijk congres, waarna hij met de Duitse ICE doorreisde naar Düsseldorf, waar hij vervolgens in de auto van Maurice stapte die hem hiet afleverde. Nu zal hij anderhalf uur moeten wachten op zijn volgende Swiss-vlucht die hem (over Grubbenvorst!) naar Schiphol zal brengen.
Om 15.48 uur meldt Raymond zich weer via Whatsapp: Ben weer op Europese bodem. Wel behoorlijk kapodt moe. We wensen hem alvast welkom en wensen hem een snelle laatste vlucht. Yep, heb wel dan weer even genoeg van vliegen. Tot zometeen. horen we terug. Aan zijn selfie is te inderdaad te zien dat hij behoorlijk moe is van de lange vlucht. Idd weinig tot niks geslapen. Probeer nog ff snel een colaatje te pakken. Maurice reageert met een voorstel voor ander voedsel: Mooi zo, Mookie. Straks lekker erwtensoep en dan het bedje in. Asrael ligt al op je te wachten.
Ondertussen rijdt om half zes bij ons de taxi voor. Die brengt ons rap naar Schiphol. Exact om 19.15 uur zet hij ons voor de aankomsthal af. Raymonds vliegtuig, een Swiss Air Airbus A320 van Flight LX0734 , is dan zojuist geland: 19.14 uur, opnieuw Zwitserse precisie. We posteren ons voor de schuifdeur (voor de gelegenheid is er een kerstman op geschilderd) waardoor alle binnenkomende passagiers met hun rolkoffertjes worden uitgespuugd. 

Om 19.47 krijgen we bericht dat hij al het vliegtuig uit is: Ben er nu koffer ophalen. Nog steeds geen koffer even geduld nog. Hoewel Maurice in Grubbenvorst is, voegt hij zich toch in de discussiegroep: We staan bij die man van Hello Goodbye, Raymond. Zie je ons al? Wat Raymond niet kan weten is dat wij (ook Lucien is mee naar Amsterdam) inderdaad vlak voor de Hello Goodbye Bar staan. Van Joris Linssen echter geen spoor. Hoeft ook niet. 
Maar na een dik half uur wachten schuiven de deurpanelen open, de kerstman verdwijnt voor een moment in de spouwmuur, en daar is ie dan: Raymond from Far Down Under. Met een grote en kleine koffer. Wolph, Lucien en ik kunnen hem weer eens aanraken. Het zal niet zo zijn, maar hij oogt fris. Hollandse bodem onder de voeten. Maar voordat hij met ons de taxi in gaat wil hij eerst nog een sigaret roken. Het moet maar. In de frisse avondlucht buiten. Koud is het gelukkig niet echt. 

En dan gaat het richting Grubbenvorst. Om kwart voor tien zijn we er. En ook ook Maurice schuift een kwartiertje later aan. De eerste blikjes Warsteiner en Nieuw Zeelandse Whale Tale, een lekkere witte wijn uit Malbourough, verschijnen op tafel. Bijpraten. En dan gaan de uren nog bijna sneller dan zijn vlieguren. De koffers blijven vooralsnog onuitgepakt. Morgen is er weer een dag. En daarna volgen er nog meer. Want zijn vertrek terug is pas over een maand. Op 13 januari 2015 vertekt hij weer Far Down Under. Maar voor het zover is: Kerstmis - Nieuwjaar en zijn promotie aan de Radboud Universiteit van Nijmegen op 9 januari. 

Voorlopig zal het bijslapen zijn, want meer dan 36 uur reizen eist zijn tol, vooral als je in het vlieg gestoord wordt door blèrende kinderen, krappe vliegtuigstoelen en andere luchtperikelen. 
Maar ook de komende dagen en weken moet er nog een druk programma worden afgewerkt. Voor donderdag staat er al een 'werkdag' in Wageningen University gepland, bij zijn oude werkgever. En daarna volgen nog Utrecht (oud studiegenoten) en Nijmegen (oud-collega's) waar nog allerlei zaken geregeld moeten worden i.v.m. de promotie. Gesprekken met zijn promotor, oud-collega's en medewerkers. Kortom: business as usual.

PROEFSCHRIFT KANT EN KLAAR AFGELEVERD

De laatste weken kwam de vaart er goed in. Zag het er een tijd geleden nog naar uit dat er nieuwe vertragingen zouden komen in de laatste fase van de afwerking van het proefschrift, de laatste weken was het duidelijk dat de deadline wel gehaald zou worden. Immers: uiterlijk 9 december 2014 moest alles afgeleverd zijn bij de pedel van de Radboud Universiteit van Nijmegen. Ook vanwege Kerstmis en Nieuwjaar was het verstandig de verzending van het boek + de uitnodiging voor de promotie op 9 januari 2015 tijdig in gang te zetten.

Voortdurend overleg dus met Raymond, de drukker (Boxpress in Den Bosch), en zelfs de secretaresse van het NCMLS Nijmegen Centre for Molecular Life Sciences, Els van Genne. 
Het proefschrift krijgt de titel: IT'S LIKE DIS! - ribonucleases associated with the RNA exosome. Voor een normaal mens onleesbaar, bij Raymond gaat het er allemaal in als Gods woord in een dominee. 
Hoewel Raymond de 202 pagina's helemaal zelf heeft volgeschreven, heeft ook de rest van de familie aan de totstandkoming ervan bijgedragen. Ikzelf heb de cover (zelfs de volledige omslag) ontworpen. En Lucien heeft voor de belettering van die cover gezorgd, en ook voor de lay-out van de eerste pagina van elk van de acht hoofdstukken. Daarvoor werd gekozen voor een zwart-witte uitsnede uit mijn coverontwerp.

Op 2 december werden vier zware dozen, totaal 150 stuks, afgeleverd in Grubbenvorst. Jammer genoeg kon Raymond zijn eigen boek niet vast houden. Maar via Skype hebben we hem officieel, maar virtueel, het eerste exemplaar van zijn eigen proefschrift overhandigd. Op 5 december heb ik samen met Maurice ongeveer de helft daarvan afgeleverd in Nijmegen, van waaruit de exemplaren worden verstuurd. Natuurlijk allereerst naar zijn promotor, Prof. Dr. Ger Pruijn, maar ook naar de drie leden van de manuscript-commissie: Prof. Dr. R.J.M. Nolte, Prof. Dr. R. Agami (van het Nederlands Kanker Instituut in Amsterdam) en Dr. A. Aschrafi. We zullen ze tijdens de promotie op 9 januari 2015 ontmoeten.

Bij die promotie speelt Maurice voor een van de paranimfen, samen met Remon van Geel, een oud-collega van Raymond tijdens zijn onderzoeksjaren in Nijmegen. Samen met Raymond zullen ze zich in gepaste kleding moeten hijsen die dag. Na afloop van de promotie die om 16.30 uur begint in de aula van de universiteit, vindt er een receptie plaats. 'Ter plaatse', staat er op de uitnodiging. Raymond is er klaar voor.
Maar er zal nog wel het een en ander moeten gebeuren voor die tijd. Gelukkig landt hij al op 15 december 's avonds op Schiphol. We halen hem daar op. Na een lange vlucht, met drie overstappen (in Auckland, Tokyo en Zürich), is hij wel toe aan een paar dagen recupereren. Maar daarna is het weer alle hens aan dek. Op 18 december heeft hij al weer een bezoek aan de Wageningen University gepland, zijn vorige werkplek.

Ondertussen zitten we thuis nog met een stapel proefschriften. In opdracht van Raymond zullen we die verspreiden onder familie, kennissen en anderen die interesse hebben zijn promotie bij te wonen. De dozen staan nog in de gang, en zijn voorlopig nog niet leeg. Op 18 december zal Raymond er zelf ook nog een aantal meenemen naar Wageningen. Hij heeft ons een aantal namen en adressen doorgestuurd waar we een boek naar toe moeten sturen. At your service!, Raymond. Laat je oude ouders maar sjouwen. We lijken Zwarte Piet wel. Slaven, dus.

Ondertussen begint Dunedin zich op te maken voor de zomer. Het zal hem in het begin hier tegenvallen, de kou en de wind. Winterkleding mee het vliegtuig in, dus.

Misschien een idee voor Raymond om te testen of iedereen die naar zijn promotie wil komen een multiple choice test af te nemen over de inhoud van zijn proefschrift. Eens kijken wat er van begrepen wordt. Een oproep aan iedereen om 'IT'S LIKE DIS' intensief te gaan lezen. Op het nachtkastje moet het liggen. Aan het lezen dus. Het Engels moet geen probleem zijn. En een beetje rudimentaire kennis van celbiologie heeft iedere boerenlul wel tegenwoordig. En DNA, RNA en die Exosomen: kippetje! Dat zeggen ze tenminste. Maurice leest Little Emma elke avond een hoofdstuk voor. Na een paar minuten is ze al aan het snurken. In een diepe slaap. 

DED'S COVER DEFINITIEF OP EDITIE MOLECULAR CELL

Het was even wachten, want mijn artikel in Molecular Cell stond al op 6 november jl. online. Was effe een rare gewaarwording, want ik had erop gerekend dat ded's cover ook erbij te zien zou zijn. Wat snel mailverkeer met de USA stelde me gerust. En werd toegezegd dat met het verschijnen van de papieren versie (het magazine, dus) op de cover ook ded's ontwerp zou staan. En daarnaast ook nog op de online editie zou verschijnen. Afgelopen donderdag 20 november was het dus zover. Het embargo op de afbeelding is opgeheven. Dus ook op deze website kan alles gepubliceerd. Het origineel is gemaakt op dit geschept papier (400 grams) in formaat 60x80 cm. De gebruikte verf is acryl. Hieronder eerst het originele ontwerp in extra groot formaat.

Voordat het zover was moest de concurrentie aangegaan worden met andere ontwerpers. Maar al meer dan een maand geleden kwam de toezegging van Eric Robbins, de Copy Editor van Cell Press:

Dear Dr. Staals,

Congratulations! The editors have decided to feature your artwork on the November 20 issue of Molecular Cell. ByWednesday, October 22 at 3 PM EST US, can you please send us the following materials?

A high-resolution (of at least 300 dpi), art-only version of this cover submission (Staals-et-al-July-2014-Revision-Cover-Art-2.tif). Please do not include any cover logos or headlines on this art file. Files with layers in the PSD or TIFF formats are preferable. Please email me when the file has been uploaded to our FTP site.

Daarnaast is in het Amerikaanse blad natuurlijk ook mijn artikel te lezen. Voor de liefhebbers, een verwijzing naar de website van Molecular Cell. Klik op: Molecular Cell
De afbeelding kan ook daarin vergroot worden weergegeven. Klik dan op de afbeelding, en verder op: Enlarge Cover.
Ik heb er ook nog een korte toelichting bij geschreven:

CRISPR-Cas is a prokaryotic defense system against invading genetic elements. In T. thermophilus, multiple Cas proteins and a crRNA guide form an effector complex that recognizes and cleaves invader RNAs at multiple sites, as covered in this issue by Staals et al. (PAGE NUMBERS HERE?). The cover image shows an artistic impression of the Type III-A effector Csm complex from T. thermophilus. The different subunits of this complex are depicted in different colors with the invader RNAs are shown at the background. Cover art by Gerard W.M. Staals (www.gerardstaalsart.nl).

In alle opzichten een leuke 'performance'. Tegelijkertijd is op dit ogenblik de productie van mijn proefschrift in het laatste stadium beland. Ook daar wordt er artistiek op familieniveau aan gewerkt. Opnieuw heeft ded de omslag ontworpen, in de inmiddels bekende kleuren. In dit geval heeft ook Lucien zijn steentje bijgedragen: hij heeft met Adobe Photoshop de belettering vormgegeven. De rest van het boek (het worden 206 pagina's) heb ik zelf vol geschreven. Na 9 januari 2015 kan iedereen het lezen. Blij dat er een einde komt aan een langdurig proces. Maar de aanhouder wint. Voor de promotie moet er nog wel het een en ander geregeld worden, maar dat kan gelukkig in een wat rustiger tempo dan de afgelopen tijd. Het afronden van mijn proefschrift kostte meer tijd dan voorzien. Ik heb het boek zelf nog niet in handen gehad. In Grubbenvorst iedereen wel, want daar is op 21 november een papieren drukproef afgeleverd. Voor eventuele allerlaatste correcties. Deze week gaat het effectief gedrukt worden.

CHRISTMAS - NEW YEAR FLIGHT GEBOEKT

Afgelopen vrijdag de knoop doorgehakt: mijn vlucht naar Nederland en retour Nieuw Zeeland geboekt: 14 december 2014 vertrek uit Dunedin en 15 januari 2015 ben ik er weer terug. Hieronder het vluchtschema.

Sunday 14 December 2014

* Flight Dunedin to Auckland

6:00 PM Air New Zealand - Flight NZ0674

Depart: Dunedin - 6:00 PM (1800 hrs)

Arrive: Auckland - 7:45 PM (1945 hrs)

Flight Time: 1 hour 45 minutes; het vliegtuig is een:

Airbus A320 - Air New Zealand

* Flight Auckland to Tokyo

11:55 PM Air New Zealand - Flight NZ0095

Depart: Auckland - 11:55 PM (2355 hrs)

Arrive: Tokyo Narita Apt - 7:30 AM (0730 hrs), Monday 15 December 2014

Flight Time: 11 hours 35 minutes; het vliegtuig is een:

Boeing 767-300 Air New Zealand

Monday 15 December 2014

* Flight Tokyo to Zurich

11:10 AM Swiss - Flight LX0161

Depart: Tokyo Narita Apt - 11:10 AM (1110 hrs)

Arrive: Zurich - 3:50 PM (1550 hrs)

Flight Time: 12 hours 40 minutes; het vliegtuig is een:

Swiss Airbus 340-300

* Flight Zurich to Amsterdam

5:30 PM Swiss - Flight LX0734

Depart: Zurich - 5:30 PM (1730 hrs)

Arrive: Amsterdam - 7:15 PM (1915 hrs)

Flight Time: 1 hour 45 minutes; het vliegtuig is een:

Swiss Airbus 320

---------------------------------------------------------------

Tuesday 13 January 2015

* Flight Amsterdam to Zurich

9:50 AM Swiss - Flight LX0725

Depart: Amsterdam - 9:50 AM (0950 hrs)

Arrive: Zurich - 11:20 AM (1120 hrs)

Flight Time: 1 hour 30 minutes

* Flight Zurich to Shanghai

1:05 PM Swiss - Flight LX0188

Depart: Zurich - 1:05 PM (1305 hrs)

Arrive: Shanghai Pu Dong - 7:55 AM (0755 hrs) Wednesday 14 January 2015

Flight Time: 11 hours 50 minutes

Wednesday 14 January 2015

* Flight Shanghai to Auckland

7:35 PM Air New Zealand - Flight NZ0286

Depart: Shanghai Pu Dong - 7:35 PM (1935 hrs)

Arrive: Auckland - 12:10 PM (1210 hrs) Thursday 15 January 2015

Flight Time: 11 hours 35 minutes

Thursday 15 January 2015

* Flight Auckland to Dunedin

3:30 PM Air New Zealand - Flight NZ0673

Depart: Auckland - 3:30 PM (1530 hrs)

Arrive: Dunedin - 5:25 PM (1725 hrs)

Flight Time: 1 hour 55 minutes

DE HELE FAMILIE VIERT LUCIENS VERJAARDAG. ONLINE.

De moderne communicatiemiddelen maken het gemakkelijk om bijna in real time over een afstand van 19.000 kilometer te communiceren. De aanleiding is deze keer Lucien 27e verjaardag. De Benjamin als Oude Bok, want richting 30 al. Op de elfde van de elfde viert hij zijn verjaardag. Voor het eerst sinds jaren zal hij niet dronken worden, die dag. Sterker nog: met zijn vader fietst hij de hele dag onder een grauwe lucht. Van de Zwarte Plak in Grientsveen naar het Duitse soldatenkerkhof in IJsselstein. En als lunch een kop pompoensoep met gehaktbrood, weg te spoelen met een 'paterke' (ja, een soort Trappist, dat dan weer wel).

Peelvoedsel. Zijn vader werkt een volledige knapzak weg daar in café De Morgenstond: boerenbrood met gebakken spek en ei, en bloedworst met kaantjes. Ja, andere tijden. 'Normaal' gesproken zou Lucien, verkleed als dorpsgek of nog erger, met zijn drinkvrienden van café naar café zwalken. Om ver na middernacht in coma achterover te vallen op zijn nest. Niets van dit alles vandaag. Braaf met mum&ded, en zelfs Maurice, Karlijn en Litte Emma voor de webcam 's avonds, om Raymond in de gelegenheid te stellen hem te feliciteren. Raymond is dan al een dag verder in de tijd, zit aan het ontbijt, maar is nog ruimschoots op tijd om Lucien op zijn eigen verjaardag te feliciteren.

Bij Raymond schijnt de zon volop. Door de open ramen is het het alsof zijn kop in felle spotlights staat. Met zijn eigen webcam zwenkt hij nog even opzij om een beeld van de baai en de omliggende bergen te geven. Fraai weer. In Grubbenvorst heeft de nacht en de kou zich meester gemaakt van het buitengebeuren. Volop herfst. Lente in Dunedin. 

Voordat Raymond naar zijn werkt wandelt (naar beneden, downtown) nemen we dus een 20-tal minuten tijd om te skypen. Little Emma gedraagt zich voorbeeldig: zet in ieder geval geen luide keel op als ze Raymond op beeld ziet verschijnen. Maurice heeft alle voorzorgsmaatregelen genomen: een flinke fles drank (melk) erin. Koest, dus. En een beetje zwaaien voor de webcam naar Raymond, met ondersteuning. De tijd gaat snel, en Raymond moet nu toch echt nokken. Jammer, maar in december hebben we meer tijd, als Raymond weer de halve wereld afreist om in Grubbenvorst te komen. Voor de kerstdis. En voor zijn promotie op 9 januari in Nijmegen. Als alles loopt zoals het voorlopig in de planning zit, zal hij bijna een maand de hort op zijn. 


Met de drukproeven van zijn proefschrift gaat het voorspoedig. De opmaak is nagenoeg al helemaal afgerond. Een fiks tempo, maar op 9 december moet alles panklaar en gedrukt bij de pedel van de Radboud Universiteit in Nijmegen liggen. Lucien en ik hebben de cover verder afgemaakt: druk-klaar nu, en in pdf aangeleverd bij Boxpress in Den Bosch. Alles ligt op schema tot nu toe. Maar er moeten ook nog een aantal dingen geregld worden met de Radboud Universiteit. En Raymond en Maurice (hij zal voor paranimf gaan spelen) gaan nog een fraai kostuum huren voor die gelegenheid.

NIEUWE CRISPR PUBLICATIE IN MOLECULAR CELL

Nieuwe publicatie in Molecular Cell, maar het is ook nog even wachten op de printverversie van het Amerikaanse blad. Want, als alles gaat zoals het is beloofd, staat de door ded ontworpen cover op de editie van 20 november. Tot dan maar even geduld hebben.
Voor een eerste blik op het artikel (met een korte samenvatting in het Engels), zie de online versie van 6 november 2014; klik ook op :
publicatie in Mol Cell

Highlights

• •TtCsm and TtCmr complexes share similar crRNA guides
• •Architecture of TtCsm resembles that of Type I and Type III-B complexes
• •TtCsm degrades target RNA in a stepwise fashion, analogous to Cmr complex
• •TtCsm crRNA guides appear to lack a Type I-like seed sequence

Summary

CRISPR-Cas is a prokaryotic adaptive immune system that provides sequence-specific defense against foreign nucleic acids. Here we report the structure and function of the effector complex of the Type III-A CRISPR-Cas system of Thermus thermophilus: the Csm complex (TtCsm). TtCsm is composed of five different protein subunits (Csm1–Csm5) with an uneven stoichiometry and a single crRNA of variable size (35–53 nt). The TtCsm crRNA content is similar to the Type III-B Cmr complex, indicating that crRNAs are shared among different subtypes. A negative stain EM structure of the TtCsm complex exhibits the characteristic architecture of Type I and Type III CRISPR-associated ribonucleoprotein complexes. crRNA-protein crosslinking studies show extensive contacts between the Csm3 backbone and the bound crRNA. We show that, like TtCmr, TtCsm cleaves complementary target RNAs at multiple sites. Unlike Type I complexes, interference by TtCsm does not proceed via initial base pairing by a seed sequence.

NAGEKOMEN BERICHTEN UIT FAR DOWN UNDER

Om verschillende redenen is het een hectische periode. Terwijl mijn werk aan de University of Otago meer dan de volle aandacht vraagt, had ik de afgelopen weken ook nog de zorg voor het adequaat en op tijd aanleveren van mijn artikel in Cell. Op het laatst eisten de Yanks nog dat de resolutie van het coverontwerp, gemaakt door mijn vader, in een veel hogere resolutie diende te worden aangeleverd. De afbeelding moest als RAW- of TIF-bestand worden aangeleverd. Daarvoor werd amper vijf uur de tijd gegeven. Terwijl ik op het punt stond het bed op te zoeken, immers voor mij laat op de avond. Uiteindelijk is het allemaal op de valreep gelukt. Ded heeft nieuwe opnamen gemaakt en die opgestuurd. Oef!

Een ander veel tijd vergend project is nog steeds mijn promotie in Nijmegen, gepland op 9 januari 2015. Aanpassingen aan het proefschrift, en het afwerken van een aantal zaken zoals dankwoord, referenties, lijst van publicaties, cv kosten allemaal extra tijd. Maar vooral het opnieuw verwerken van alle afbeelding, ook die in een hoge resolutie aan te leveren, koste me zowat een weekend. Terwijl ik op de Taieri Gorge Railway, mijn verjaardagscadeau, had willen stappen. Het weer was prachtig op zondag, maar helaas.

De afgelopen tijd dus weinig tijd gehad om buitenshuis te ontspannen. Wel waren er andere avondactiviteiten waar ik mijn kop moest laten zien: het afscheid van Anne (terug naar Nederland), ik heb nog een presentatie gehouden voor de board van de universiteit, uiteraard met diner na afloop, en ook mijn nieuwe huisgenoot Sebastian kan ik niet zo maar links laten liggen. Hij heeft inmiddels verschillende mogelijke woonruimtes bezocht, en zal dus misschien op korte termijn op zichzelf wonen. En uiteraard moet ik boodschappen doen, vaak laat ik me dan per taxi terug naar huis rijden. Een paar dagen geleden kreeg ik bij het inladen de laadklep (achter) tegen mijn voorhoofd, met een kleine hoofdwond tot gevolg.

Een paar weken geleden kreeg ik ook nog wat foto's door van het congres in Zürich (juli), o.a. een groepsfoto waarop alle deelnemers te zien zijn. Een behoorlijk groot gezelschap. Het was even zoeken, maar ik kon me terug vinden.

Voor mijn verjaardag op 16 oktober kreeg ik verschillende kaarten toegestuurd. Gewoon met de post, en dat is een wereldreis voor zo'n stuk papier. Die van petekind Emma was te laat, maar ik neem het haar toch maar niet kwalijk. Misschien moet ik de vader er maar eens op aanspreken, dat hij zijn eigen kind op tijd die kaart laat schrijven. Die van mum en ded was er zelfs een dag voor mijn verjaardag, met de vermelding dat mijn cadeau per trein zou komen. Dat was dus de Taieri dagtrip van Dunedin naar Middlemarch. Omdat het langzaam meer zomer wordt hier, krijg ik hopelijk binnenkort echt de gelegenheid om de voucher te verzilveren. Sterker nog: ik mag er 2 verzilveren, want ik mag ook nog een reisgenoot meenemen.

MEET THE OTAGO INFANTRY REGIMENT IN FLANDERS FIELDS

Terwijl Raymond nog maar amper bekomen is van zijn verjaardag, vertrekken zijn ouders, inclusief Lucien, naar de Côte d'Opale in Frankrijk. De eerste dagen zijn schitterend zonnig. Vanaf de twee kapen (Blanc Nez en Griz Nez) zijn de witte krijtrotsen van het Engelse vasteland aan de overkant van het Kanaal goed te zien. Zonder dure verrekijker overbrugt je blote oog bijna 30 kilometer staalblauw Kanaalwater. De K5 kanonnen van Batterie Todt in Audighen zwijgen al 70 jaar, we lopen er dus zonder gevaar voor eigen leven rond.

Een aantal dagen later zwerven we over het Tyne Cot Cemetary, het grootste Britse soldatenkerkhof op het Europese vasteland. Ongeveer 12.000 grafzerken van gesneuvelde militairen uit de Britse Gemenebest. Allemaal gedood tijdens de veldslagen rondom Ieper en Passendale. Van velen is de naam niet in steen gebeiteld, maar wordt aangeduid als known unto God. Daarentegen staan wel 35.000 namen van vermiste militairen in de gedenkmuur gegrift.
Op veel grafzerken prijken de namen van Nieuw Zeelandse militairen van het Otago Infantry Regiment. In het kader van de 100-jarige herdenkingen van The Great War (1914-1918) is het kerkhof bezaaid met bloemenkransen. De kleur oranje overheerst. Poppys.

Weer een dag later (de zon is verdreven door een grauwe regen) 'amuseren' we ons in het Flanders Fields Museum aan de Grote Markt van Ieper. De machtige Lakenhal, totaal verwoest in de Eerste Wereldoorlog, is al jaren geleden schitterend in zijn oude glorie gerestaureerd.
En ook in het Flanders Fields Museum lopen we de Nieuw Zeelandse militairen tegen het lijf. En krijgen we nog meer begrip voor het feit dat daar jaarlijks ANZAC Day, een nationale feestdag ter herinnering aan alle Nieuw Zeelandse soldaten die in de beide wereldoorlogen op het Europese vasteland hebben gevochten.

Woensdag 22 oktober zijn we weer thuis. 's Morgens skypen we met hem. De dag ervoor (in Ieper, dus) heeft hij al een Whatsapp bericht gestuurd. Mijn ontwerp voor de cover (dat aansluit bij het artikel waarvan Raymond de eerste auteur is) van het novembernummer van Molecular Cell is geaccepteerd. Er is alleen 1 probleem. De Yanks hebben graag dat het in een hoge resolutie wordt aangeleverd, minstens 300 dpi. En liever nog in een tif-formaat. Waarbij de foto in Raw-kwaliteit gemaakt moet zijn. De deadline ligt vijf uur later. Voor Raymond is het nog een paar uur voor zijn middernacht. Dat wordt dus haastwerk. Zelf hoopt hij met het door mij geleverde jpg-formaat een heel eind te komen. Ik beloof hem dat ik uit zal proberen te vogelen hoe eventueel nieuwe foto's gemaakt kunnen worden met de gevraagde kwaliteitseis. Ik bel er zelfs voor naar de fotohandel (want ik heb nooit 'raw' gewerkt). Uiteindelijk lukt het, maar dan ligt Raymond al uren op 1 oor. 

Gelukkig heeft hij zijn oud-collega in Wageningen, prof. John van der Oost, gemandateerd om een en ander kort te sluiten met de Amerikanen. Ik mail hem later, als de foto's gelukt zijn. En stuur hem via Wetransfer het resultaat op, waarna hij hij weer door kan sturen naar de redactie van Molecular Cell. En nu maar wachten op het novembernummer van Mol Cell. Fingers crossed.

Raymond sluit de skype-sessie af met het op het scherm tonen van wat culinaire voedingswaren die hij een paar dagen eerder bij de kwaliteitswinkel in Dunedin heeft verworven: peanut butter en beef jerky. Fijne voedingswaren waar je ontbijt of lunch erg van opknapt. Het water loopt hem zowat uit de mond. 

Het komend weekend heeft hij een intensief programma voor de boeg. Donderdagavond potluck dinner bij Peter Fineran. Vrijdagavond een filmavond bij zijn collega Adrian. En zaterdagavond het afscheid van collega Anne, die bij hem een paar weken in huis heeft gewoond. En zondag, als het weer goed is, wil hij ons verjaardagscadeau verzilveren: een treinreis door het binnenland van het Zuidereiland, van Dunedin naar Middlemarch. Met de Taieri Gorge Railway. Hopelijk is het weer goed. Even weg uit de hectiek.

16 OKTOBER: RAYMOND IS JARIG. PROFICIAT!!!

Van harte gefeliciteerd met je 35e verjaardag!!! Congratulations!!!

namens het thuisfront: Gemma, Gerard, Maurice, Karlijn, Lucien en Emma.

Zoals aangekondigd komt je cadeau per trein. Het stelt je in de gelegenheid je nieuwe land nog beter te leren kennen.

Die trein zie je vanzelf opduiken in deze mail. Je kunt de dag naar eigen voorkeur kiezen, wanneer het je uitkomt, en je mag een collega meenemen op je trip.

Voor wat meer info kun je ook terecht op: http://www.taieri.co.nz/our-trips/taieri-gorge-railway

Neem je camera mee, en maak er t.z.t een mooie dag van. Het is immers zomer in Nieuw Zeeland.

Ik stuur je nog een andere mail over deze trip.

Groet, en we skypen later, op jouw avond. Maar we wachten tot Lucien uit Maastricht hier is. Hij komt vroeg op (onze donderdagmorgen). Plug maar in we melden ons wel een keer.

Tot dan, dus.

Gemma, Gerard, Maurice, Karlijn, Lucien en Emma

KEN JE DIE VAN DIE DUITSER DIE GEEN BIER KREEG?

Ook al gaat het hier richting zomer, de temperaturen waren de afgelopen week gematigd, zo'n 14 tot 15 graden. Veel bewolking zo nu en dan wat drizzle. Voor de komende week ziet het er allemaal wat beter uit, in ieder geval wat de temperatuur betreft. Maar helemaal droog blijft het zelden.
Op dit ogenblik is het zaterdagavond en ben ik de week aan het afronden. Met een Bavaria. Skyp nog even met het thuisfront. Mijn Duitse logé Sebastian is even de hort op, zijn mogelijke nieuwe onderkomen bezoeken in Castle Street. Dat appartement wordt op dit ogenblik nog bewoond door mijn vorige logé, Anne. Die vertrekt binnenkort weer terug naar Nederland. Sebastian, die ik ook nog ken van de Wageningen University, zal ongeveer een half jaar aan de Universiteit van Otago blijven werken.

Terwijl een paar dagen geleden de beroemde Oktoberfeste in München werden afgesloten, 's werelds grootste bierfeest dus, maakten we hier in Dunedin weer eens heel wat anders mee. In Beieren zetten ze in een paar weken en zonder met de ogen te knipperen zomaar 7,5 miljoen liter bier om, en ook ik wilde met Sebastian op afstand een klein duit(s)je in het bierzakje doen. Gewoon met een blikje namaak Duits bier, van Nieuw Zeelands fabricaat. De inhoud, een schamel half litertje. Terwijl de rondborstige Dirndls in het Münchense Hofbräuhaus met in beide handen tot wel vier 1-liter grote glazen bierpullen rondlopen. Na afloop van de zware dag in het lab lopen we, op weg naar huis, dus nog even bij de Nieuw Zeelandse Aldi binnen. Laden het winkelmandje vol met een aantal blikken bier, en doen er ook nog wat te knabbelen bij. Ik deponeer vervolgens de hoogwaardige voedingsmiddelen op de toonbank bij de kassa. Afrekenen dan maar.

Als de medewerkster de blikken bier scant vraagt ze mij om mijn ID-kaart. Ik laat haar mijn paspoort zien. Die is in orde. En of ook Sebastian zijn ID maar wil laten zien. Omdat hij zijn paspoort in mijn appartement heeft achtergelaten, laat hij maar de kopie ervan zien. Een kopie heeft ie altijd wel bij zich. De caissière fronst haar kiwi-wenkbrauwen. En geeft hem snel zijn kopie terug, alsof er een geur uit opstijgt van bedorven vis. Nee, het moet een originele ID zijn, bezweert de medewerkster. Want je weet maar nooit. Hoewel de eerste Europese bewoners van Nieuw Zeeland grotendeels bestond uit Londense criminelen en Schotse zuipschuiten, willen ze nu hier geen drankmisbruik meer. Wat ze daar in Beieren doen met die halfnaakte Dirndls die met losse handen op elke borst wel een 2-literglas schuimend bier de zaal kunnen ronddragen, dat moeten we hier niet hebben. Het moet niet gekker worden. Dat moet Sebastian toch kunnen begrijpen! En anders ik wel - is dat niet zo, meneer? - die al wat langer in Dunedin woont! 

Ik doe een laatste poging over over het hart van de caissière te strijken. Zeg haar, dat ze maar moet doen alsof ik alléén die blikken bier kom kopen. En Sebastian? Die is er gewoon niet. Hoort niet bij mij. Ze blijft onvermurwbaar. Ik acht haar ook niet in staat die 2-literpullen op haar (vul zelf maar in) door deze Dunedinse Aldi te dragen. Nee, zegt ze, die Sebastiaan hoort bij mij. Jullie kwamen samen binnen. Dus dat bier is voor jullie allebei. En met een kopie van zijn paspoort wordt er niet gedronken. "Dan neem ik de rest van de boodschappen ook niet mee!", zeg ik. Zwaar geschut. Maar de Kiwi-Aldi-Miep blijft in haar loopgraaf. En schiet terug: "Dan gaat u maar!" En dat doen we. De Kiwi-Aldi-Miep en de rij wachtenden achter ons bij de kassa verbouwereerd achterlatend.
In de shop van de buurman hebben ze toch ook alternatief Duits bier. Voor de zekerheid ga ik maar alleen, want in mijn Ausweis staat zwart op wit dat ik tot uiterlijk 6 maart 2016 bier mag kopen.

Nog wat ander leed. Vorige week ging mijn wasmachine stuk. Het kreng had al een paar keer het geluid geproduceerd van een tank uit de Eerste Wereldoorlog. Als je hem op wieltjes zet kan hij volgend jaar hier gewoon meerijden in de ANZAC-parade. Maar na een belletje naar de huiseigenaar, kreeg ik al binnen 1 dag een gloednieuwe. Zo kan het dus ook in Kiwi-land.
Nu moet de rare wateroverlast die ik soms heb bij mijn voordeur nog opgelost worden. Om de een of andere reden komt er steeds wat water uit een pijp lopen. Ik heb het al een paar keer gemeld, maar tot nu toe nog steeds geen reparatie. Misschien moet ik melden dat er schuimend bier uit komt. Dan staan ze zo voor de deur met een aftapkraan, schat ik.