RAYMOND EN HET NACHTLEVEN IN DUNEDIN: 1 DODE

Gisteren weer op stap geweest zoals je wel op de WhatsApp hebt kunnen zien: Japanse lekkernijen en daarna een mild stapavondje; we waren om 01.00 uur weer braafjes thuis. Was misschien maar goed ook, want in een club 2 deuren verder dan waar wij waren is gisteravond iemand vermoord! Het was toevallig ook nog iemand van 35 jaar oud, dus we kregen vanmorgen een bezorgd telefoontje van onze mede-stappers (die iets eerder naar huis gingen) met de vraag of we nog in leven waren. Dat was een goede vraag, die ik echter niet goed kon beantwoorden. Kater!

Ben gelukkig nog wel in staat geweest om in de loop van de dag een paar dingen af te handelen, zoals de aanvraag voor stroom en internet in mijn nieuwe appartement in de Duncan Street.

Op de site van ONE NEWS (TVNZ) stond vanmorgen het volgende bericht over de moord:

Man in custody after Dunedin bar death
Published: 7:48AM Sunday April 27, 2014 Source: ONE News
A 25-year-old man is in custody after the death of a man at a Dunedin bar this morning.
Police and ambulance officers were called to the Craft Bar in the Octagon at about 1.45am in relation to an alleged assault. They found a 35-year-old man unconscious in the toilet area and efforts to revive him were unsuccessful. About 60 people were believed to be in the bar at the time of the alleged assault.

Police have interviewed several witnesses and are following a strong line of inquiry.
They say they are interested in the movements of three men, aged from their 20s to 40s, who become involved in an altercation outside the Isis bar, in which a window was broken. Police believe the group may be linked to the incident at the Craft Bar which resulted in the man's death.
The group of three included a man aged in his thirties or forties wearing a mohawk hairstyle and another man around similar age with a shaved head. They were dressed in dark casual clothing and wearing jeans.

In de Otago Daily Times staat nog o.a.:
Man in custody over Octagon bar death
The police don't believe there had been any previous interactions between the 35-year-old man who died and other patrons at the bar, prior to the alleged assault. Police are not seeking a weapon in relation to the incident.
Police said people at the Craft Bar may remember seeing a man aged in his mid-20s at around 1.40am without his shirt on.
The man left the bar with two associates and headed through the Octagon area to the vicinity of the Isis bar. Police would not be releasing the name of the man until his next of kin had been notified. A cordon has been placed around much of the lower Octagon and a police officer and security guard are at the entrance to Craft.
Anyone with information that help police can contact Dunedin Police on 471-4800. Information can also be provided anonymously to the organisation Crimestoppers on 0800 555 111.

Bizar verhaal, hè? In Dunedin is het verder niet gevaarlijk. Dit werd dan ook breed uitgemeten in de media. Behoorlijk exceptional. Zelfs is er een kort filmpje op Youtube te zien:

Voor afkoeling in de stad wordt de komende tijd gezorgd. Zie het weerbericht: 

Heavy rain and snow on way

Home » News » Dunedin

Sun, 27 Apr 2014

News: Dunedin

Heavy rain - and snow - are on their way for the South later today, forecasters say. Otago is due to get another drenching later today as a storm system moves over the lower South Island.

The MetService says rainfall may reach "warning amounts" in coastal and North Otago, and in Southland and southern Canterbury. Rain will set in tonight in Dunedin and North Otago with 80 to 120mm of rain expected in some areas between midnight and midnight on Monday.

The heaviest falls are expected about the coastal hills and ranges of North Otago with rainfall of 10 to 15mm per hour likely tomorrow afternoon. "These rainfalls are likely to lead to swollen rivers, and surface flooding. The effects will be exacerbated by already saturated ground from recent rains. 

"People in all these areas engaged in weather sensitive activties should be aware of heavy rain coming."

The rain will be followed by a low with a strong southeast flow.

This will bring the chance of "substantial snowfalls" tonight and tomorrow down to about 900 metres in parts of Otago, Fiordland and inland Southland.

Omdat het hier overal behoorlijk vochtig is, ook in huis dus, krijg je je kleren niet snel droog. En een nat pak loop je al snel op, als je paraplu niet helemaal wind- en waterproof is. Vandaar dat ik zo nu en dan gebruik maak van Peter's elektrische buizenkachel die ik op mijn slaapkamer heb staan. 
Ook voor de komende dagen blijft het regenachtig. Ik ben wel benieuwd hoe het in mijn nieuwe appartement is, omdat daar wel dubbelglas is, geloof ik. 
Dit was het weer voor deze keer. Zie net op internet dat er bij de toestanden in het centrum afgelopen weekend misschien een tweede dode gevallen is. Tijd om de aanschaf van een gun te overwegen. Kan ik weer gerust uitgaan in Dunedin. De groeten, en tot de volgende keer.

RAYMOND MEETS THE POSSUM

Op ANZAC-DAY (25 april), een van de nationale feestdagen van Nieuw Zeeland, heb ik ondanks de festiviteiten in de stad, bijna de hele dag gewoon doorgewerkt. In de ochtend waren er verschillende parades, maar ik heb er niks van meegekregen. De studenten maken van het lange vrije weekend massaal gebruik om flinke hoeveelheden drank naar binnen te werken. 
's Avonds had ik nog een feestje bij een Grieks-Duitse collega van de universiteit, dus ik heb zelf ook mijn portie wel binnen gekregen. Maar was ruim voor middernacht thuis. En kon nog even skypen met Grubbenvorst, waar het wel zomer leek. Het was daar rond het middaguur.

Wat drank betreft hoef je ze in Nieuw Zeeland niks te leren. Zeker in een studentenstad als Dunedin niet. Aan het begin van het nieuwe studiejaar worden de eerstejaars ontgroend, en daar wordt dan enorm bij gezopen. Een specifieke traditie is het zogenaamde playing possum, genoemd naar het grote boombeest dat zich vaak (en dan ook nog eens ondersteboven aan een tak hangend) is een boom ophoudt. De possum, of opossum, is een buidelrat en is zo groot als een uit de kluiten gewassen kat. Voor zijn tanden moet je oppassen. Verderop nog iets meer daarover. Terug naar de studenten. Bij de ontgroening worden de eerstejaars student een boom ingejaagd met een halve krat bier. Het is de bedoeling dat hij die helemaal leegdrinkt en daarna zonder te vallen weer naar beneden klimt. Dat zoiets niet in alle gevallen lukt, spreekt voor zich. En kan er gelachen worden om die suffe eerstejaars.

Ondanks de strenge regels (in principe mag er geen drank in het openbaar genuttigd worden) knijpt de politie een oogje toe. Van een afstandje houden ze alles in de gaten om ervoor te zorgen dat het niet uit de hand loopt. En dat spelletje playing possum, maakt van een studentje een vent.
Voor het overige kun je hier niet zomaar met een fles sterke drank over straat lopen. Net als in Amerika moet die in een papieren zak meegenomen worden uit winkel of kroeg.

Toen ik een van de afgelopen dagen in het donker naar huis liep zag ik zo'n possum. In de boom zat ie. Je moet natuurlijk wel uitkijken dat zo'n beest niet op je af komt en aan je gaat knagen of krabben. Peter heeft me ervoor gewaarschuwd. En ze zitten overal in Nieuw Zeeland. Een plaag.
De enige manier om ze onder controle te krijgen is om met een lichtbundel in hun ogen te schijnen. Dan blijven ze stokstijf zitten. De possum die ik ontdekte in een boom heb ik nog proberen te fotograferen, maar de opname is erg donker geworden. Misschien krijg ik binnenkort een nieuwe kans.

Er valt hier elke dag wel wat nieuws te beleven. Op het werk, maar ook daarbuiten. Eergisteravond ben ik trouwens voor het eerst naar de film geweest hier. The Grand Budapest Hotel. Een erg leuke film met o.a Ralph Fiennes en Adrien Brody. Een nog heel recente film. Voor wie hem nog niet gezien heeft hier de trailer. 

ONDER DE LAKENS MET EEN OORLOOS KONIJN VAN CHOCOLA

Om de paar dagen gaat het Skype Alarm af. New Zealand Online! In real time. Meestal loopt het in Grubbenvorst op dat tijdstip naar het middaguur. In Dunedin is de avond dan al vergevorderd, zo'n uur of tien. Donker. Herfst. Zo was het ook vandaag weer. Raymond staat, zoals gewoonlijk, zijn peuk weg te inhaleren in Peter's achtertuin. Zijn zwarte winterjack dicht geritst. Hij meldt dat er een lichte drizzle valt, een erg fijne nevelregen. Zoiets als Wolph en ik in de Universal Studios bij Los Angeles over ons heen gesproeid kregen, op 16 oktober 2012, Raymonds verjaardag. Maar daar was het toen om verkoeling te krijgen. Het Skype Alarm gaat vandaag af om kwart over elf, Nederlandse tijd.

Hij duikt weer naar binnen. Zijn werkdag zit er nog niet op, want hij laat me op zijn (MIJN!) laptop de vier mails zien, die tijdens de paar minuten buiten zijn afgeleverd. Alle vier afkomstig van John, zijn ex-collega uit Wageningen. Dat kan niks anders betekenen dan : WERK! Na een meer dan volle dag in het Otago Lab, lijkt het alsof de al lange werkdag een extensie krijgt met research-vragen van de Wageningen University. Neverending Days. Maar gelukkig zit het afwerken van zijn proefschrift er nagenoeg op. Het wachten is op de reactie van zijn promotor. Waarna de manuscript-commissie nog een nihil obstat moet afgeven en de vormgeving alle aandacht gaat vragen. Voor de artistieke vormgeving van de cover ben ik al voorzichtig begonnen, straks zal ook Lucien ingeschakeld worden, want die is handiger met Photoshop.

Ondertussen blijft het aanmodderen met zijn Maori-strips en Maori-glucosetestmeter. Hij ergert zich aan de slechte kwaliteit ervan, waardoor zijn bloedsuikerwaarden behoorlijk afwijken en dus onbetrouwbaar zijn. Consequentie is dat de nachtrust erdoor behoorlijk bekort wordt. Shit, dus. De strips die hij in de USA besteld heeft, en die te gebruiken zijn in combinatie met zijn Hollandse glucosemeter, zullen pas over een dag of tien arriveren. Tot die tijd blijft het behelpen. En blijft hij zich ergeren. De goedkope Nieuw Zeelandse ziektekostenverzekering blijkt dan ineens weer duurkoop. Maar er wordt daar maar 1 soort verstrekt. Keuze is er niet.

Zoals eerder vermeld moeten nog een aantal zaken voor zijn nieuwe appartement (vanaf 9 mei) geregeld worden. Dat betreft ook keukengerei of beddengoed. Maar. zoals hij inmiddels ervaren heeft, voor alles is een oplossing. 
Onlangs overleed de moeder van de venisson hunter, een van zijn collega's op de universiteit. De hunter kan blijkbaar niet alleen vers hertenvlees leveren, maar heeft nu ook de magnetron van zijn overleden moeder in de aanbieding. Plus lakens en kussenslopen, want die heeft zijn moeder ook niet meer nodig. Misschien nog wel meer zaken, maar die vermeldde Raymond niet. Ik neem niet aan dat de deal in dit geval 'alles of niks' is, dus met inbegrip van haar bh's, krultang en nog nieuwe, niet gedragen bikini. Ben erg benieuwd naar wat het verrassingspakket gaat opleveren over een paar weken.

Tijd om onder de wol te duiken is het nog niet. Immers: werkmails uit Wageningen. En daarna de dag nog evalueren met Peter. Ook dat loopt nog wel eens uit. Maar gelukkig staat op het nachtkastje zijn chocolade paaskonijn te grijnzen. Inmiddels heeft hij de oren ervan weggevreten, maar verder geeft het beest geen krimp. 

Voor 'Reizen zonder John' van Geert Mak, dat eveneens op zijn nachtkastje ligt, heeft hij nog weinig tijd kunnen inruimen. "Ontspannend proza", zeg ik, maar of ik hem helemaal over de streep kan trekken, betwijfel ik. Het leest gemakkelijk weg, en geeft veel sfeervolle, en tegelijk actuele en historische informatie over de Verenigde Staten. On the Road, Raymond!
Wel gaat hij naar bed met zijn glucosemeter, want die moet warm gehouden worden. Immers: onder de 5 graden is het apparaat nog onbetrouwbaarder dan het al is. Misschien moet hij zijn chocolade paaskonijn ook maar naast hem onder de dekens leggen. Die smelt voor hem.

PUBLICATIONS AUTHORED BY RAYMOND H J STAALS

Het werk. Want daarvoor ben ik natuurlijk hier in Dunedin. Overigens doe ik ook nog veel voor de Wageningen University, werk ik door aan een project in Rotterdam (Erasmus Universiteit), en leg ik de laatste hand aan het proefschrift voor 
Nijmegen (Radboud Universiteit). 
Daarnaast druk met publicaties in diverse wetenschappelijke tijdschriften. Veel daarvan zijn o.a. terug te vinden op de website van PubMed. Klik maar op: Publicaties Raymond Staals
De volledige tekst van de verschillende publicaties is niet beschikbaar voor iedereen. Daarvoor moet betaald worden. De korte samenvattingen (Abstracts; zie hieronder) zijn gratis. De afgedrukte voorbeelden zijn van 2014 (no.1 en no.2), en van 2013 (no.3). Mijn volledige lijst van wetenschappelijke publicaties (vanaf 2005) is natuurlijk veel langer. Het is maar om even een indruk te geven.

no.1  Proc Natl Acad Sci U S A. 2014 Apr 7. [Epub ahead of print]
Degenerate target sites mediate rapid primed CRISPR adaptation.
Fineran PC1, Gerritzen MJ, Suárez-Diez M, Künne T, Boekhorst J, van Hijum SA, Staals RH, Brouns SJ.
Abstract
Prokaryotes encode adaptive immune systems, called CRISPR-Cas (clustered regularly interspaced short palindromic repeats-CRISPR associated), to provide resistance against mobile invaders, such as viruses and plasmids. Host immunity is based on incorporation of invader DNA sequences in a memory locus (CRISPR), the formation of guide RNAs from this locus, and the degradation of cognate invader DNA (protospacer). Invaders can escape type I-E CRISPR-Cas immunity in Escherichia coli K12 by making point mutations in the seed region of the protospacer or its adjacent motif (PAM), but hosts quickly restore immunity by integrating new spacers in a positive-feedback process termed "priming." Here, by using a randomized protospacer and PAM library and high-throughput plasmid loss assays, we provide a systematic analysis of the constraints of both direct interference and subsequent priming in E. coli. We have defined a high-resolution genetic map of direct interference by Cascade and Cas3, which includes five positions of the protospacer at 6-nt intervals that readily tolerate mutations. Importantly, we show that priming is an extremely robust process capable of using degenerate target regions, with up to 13 mutations throughout the PAM and protospacer region. Priming is influenced by the number of mismatches, their position, and is nucleotide dependent. Our findings imply that even outdated spacers containing many mismatches can induce a rapid primed CRISPR response against diversified or related invaders, giving microbes an advantage in the coevolutionary arms race with their invaders.

KEYWORDS: adaptive immunity, crRNA, horizontal gene transfer, next-generation sequencing, phage resistance
PMID: 24711427 [PubMed - as supplied by publisher]

no.2  Microbiol Mol Biol Rev. 2014 Mar;78(1):74-88. doi: 10.1128/MMBR.00039-13. The role of CRISPR-Cas systems in virulence of pathogenic bacteria.
Louwen R1, Staals RH, Endtz HP, van Baarlen P, van der Oost J.
Abstract
Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and CRISPR-associated (Cas) genes are present in many bacterial and archaeal genomes. Since the discovery of the typical CRISPR loci in the 1980s, well before their physiological role was revealed, their variable sequences have been used as a complementary typing tool in diagnostic, epidemiologic, and evolutionary analyses of prokaryotic strains. The discovery that CRISPR spacers are often identical to sequence fragments of mobile genetic elements was a major breakthrough that eventually led to the elucidation of CRISPR-Cas as an adaptive immunity system. Key elements of this unique prokaryotic defense system are small CRISPR RNAs that guide nucleases to complementary target nucleic acids of invading viruses and plasmids, generally followed by the degradation of the invader. In addition, several recent studies have pointed at direct links of CRISPR-Cas to regulation of a range of stress-related phenomena. An interesting example concerns a pathogenic bacterium that possesses a CRISPR-associated ribonucleoprotein complex that may play a dual role in defense and/or virulence. In this review, we describe recently reported cases of potential involvement of CRISPR-Cas systems in bacterial stress responses in general and bacterial virulence in particular.
PMID: 24600041 [PubMed - in process] PMCID: PMC3957734 [Available on 2015/3/1]

no.3  Mol Cell. 2013 Oct 10;52(1):135-45. doi: 10.1016/j.molcel.2013.09.013. Structure and activity of the RNA-targeting Type III-B CRISPR-Cas complex of Thermus thermophilus.

Staals RH1, Agari Y, Maki-Yonekura S, Zhu Y, Taylor DW, van Duijn E, Barendregt A, Vlot M, Koehorst JJ, Sakamoto K, Masuda A, Dohmae N, Schaap PJ, Doudna JA, Heck AJ, Yonekura K, van der Oost J, Shinkai A.
Abstract
The CRISPR-Cas system is a prokaryotic host defense system against genetic elements. The Type III-B CRISPR-Cas system of the bacterium Thermus thermophilus, the TtCmr complex, is composed of six different protein subunits (Cmr1-6) and one crRNA with a stoichiometry of Cmr112131445361:crRNA1. The TtCmr complex copurifies with crRNA species of 40 and 46 nt, originating from a distinct subset of CRISPR loci and spacers. The TtCmr complex cleaves the target RNA at multiple sites with 6 nt intervals via a 5' ruler mechanism. Electron microscopy revealed that the structure of TtCmr resembles a "sea worm" and is composed of a Cmr2-3 heterodimer "tail," a helical backbone of Cmr4 subunits capped by Cmr5 subunits, and a curled "head" containing Cmr1 and Cmr6. Despite having a backbone of only four Cmr4 subunits and being both longer and narrower, the overall architecture of TtCmr resembles that of Type I Cascade complexes.
Copyright © 2013 Elsevier Inc. All rights reserved.
Same same but different: new structural insight into CRISPR-Cas complexes. [Mol Cell. 2013]
PMID: 24119403 [PubMed - indexed for MEDLINE]

De afbeelding hiernaast werd ontworpen door mijn vader, en werd gebruikt door het tijdschrift Molecular Cell waarin het bovengenoemde artikel (no. 3) werd geplaatst, oktober 2013.

ONT-HAAS-TIGE PAASGROETEN VAN DE VIEZE MAN

Pasen 2014. Toch anders dan de afgelopen jaren. Schoof de familie op Eerste Paasdag steeds collectief aan tafel, omdat Wolph weer eens stevig culinair had uitgepakt, dan is dat dit jaar anders. Wolph heeft dit jaar 1 bordje minder te vullen. Want Raymond heeft gekozen voor het paasvuur in Dunedin, Nieuw Zeeland. Meer dan Down Under. Op bijna twee etmalen reisafstand. Maar hij heeft gelijk gekregen. Terwijl wij ons hier opmaken om schuilkelders en bunkers aan te leggen om straks de aanstormende Sovjet legers te overleven, zit hij relaxt te genieten in het paaszonnetje. Hij stuurt ons via WhatsApp een foto van een zonnig Dunedin, om nog wat zout in onze wonden te wrijven. Terwijl wij net ons ontbijt zitten weg te werken. 

Daar laten wij het natuurlijk niet bij zitten. Om de feestvreugde te verhogen grijpt Wolph gelijk naar haar mobiel om mij in video-paasboodschap te laten inspreken. Ik zit aan tafel, net wakker, volledig in paastenue en met een zootje eieren van een paashaas die in geen velden of wegen te bekennen is. En dan staat er ook nog een mini-nepboompje behangen met gekleurde mini nep-eitjes op tafel. Je zou spontaan de inhoud van je kop koffie proestend over de paastafel spugen. Ja, Pasen wordt steeds meliger. Je hoeft de tv maar aan te zetten, dan weet je genoeg. Nog een wonder dat Nick en Simon geen paasconcert geven. Misschien is het Down Under anders. En dansen daar roedels blote Maori's over straat.

Kom: ik doe er zelf nog een video bij. Geen eigen werk, maar gewoon van Youtube geplukt. Een mooie video van de Vieze Man, Kees van Kooten, en zijn compaan Wim de Bie. Zo krijgt Pasen in Dunedin tenminste nog een bescheiden Hollands tintje. Een echt lentevideootje, met van die kleine gele nep-kuikentjes. Ik ga ervan uit dat Raymond aan huiseigenaar Peter nauwkeurig weet uit te leggen waar het filmpje over gaat. Benieuwd naar zijn reactie.

Om half een 's middags skypen we nog ff. Ook Lucien (net zijn roes uitgeslapen) schuift aan. Voor Raymond is Eerste Paasdag zo goed als voorbij. Hij heeft vandaag weer flink aan zijn proefschrift over Exosomen gewerkt. De manuscript-commissie in Nijmegen kan bijna aan het werk. Hij meldt tenslotte nog dat collega Peter op deze paasmorgen nog een haas van chocolade naast hem een bed had gelegd.
Nu staat hij weer, als zo vaak aan het einde van de dag, buiten in het donker zijn dampende peuk te verbranden. Met zijn vrije hand slaat hij zo nu en dan de rond zijn kop zoevende sandflies van zich af te slaan. Agressieve beesten zijn het. 
Voordat het videogesprek beëindigd wordt krijgen Lucien en ik nog wel de opdracht mee om het ontwerp van zijn proefschrift (boek) in de steigers te zetten. 

Dunedin by night

BAD WEATHER DAYS: RAIN, RAIN, RAIN...

Vandaag is het bar en boos in Dunedin. Wat het weer betreft dan. En dat met de vrije paasdagen voor de boeg. Vandaag (vrijdag) had ik al vrij, maar ik ben toch nog even naar het lab geweest. Peter heeft me er met de auto afgezet. Er volgen nu nog drie vrije dagen, maar omdat het ook morgen nog stortregent, zal ik de tijd wel benutten met het afwerken van mijn proefschrift. Komt misschien wel goed uit. Maar goed dat ik de trip naar Queenstown niet gepland had. Ook nog wat zaken regelen voor mijn nieuwe appartement in de Duncan Street: elektriciteit, water en internet. Het contract is een boekwerk. Ik kom er nu pas achter dat de landlord, zo wordt die hier genoemd: zeg maar de eigenaar, de Pizza & Spaghetti Company is. Een fastfoodketen die een heleboel filialen heeft in Nieuw Zeeland.
Om een beeld te krijgen van het grauwe weer vandaag, heb ik maar een video gemaakt van af de berg hier. Ik heb hem jullie vanmorgen ook al via WhatsApp gestuurd.

In de stad zag ik vandaag het water als bergstromen naar beneden komen. Ook voor Dunedin schijnt zoveel regenwater op één dag niet vaak voor te komen. Zegt Peter. Ik hoop het maar. Op sommige plekken barstte in het centrum het asfalt open en kwamen er een fonteinen met modderwater naar boven. 
Wat kun je op zo'n dag beter doen dan jezelf maar eens flink bij te voederen. We hebben vanavond weer een stevige venisson pie gemaakt. Met het standaard hertenvlees, dus. Aangevuld met een potato wedges stew. Gebakken aardappelstukken met veel verschillende kruiden. Iets voor overwinteraars in Siberië. Maar het is wel erg lekker.

Daar drink ik dan wat flessen Monteith's Bohemian Pilsner bij. Lekker bier, maar gewoon 5% alcohol. Vanavond de benen op de bank na een drukke week. Gelukkig heb ik in de supermarkt wat knaagbaars gevonden zodat ik wat te smikkelen heb als Peter zijn pak chips naar binnen werkt. En het is ook nog eens zonder koolhydraten. Varianten op Twix, Choc-bars en Snickers: No Carbs, worden ze genoemd. Zonder koolhydraten, maar met veel proteïnen. En best lekker. Als vervanger van de Hollandse Extran die hier natuurlijk niet te krijgen is, drink ik tegenwoordig flesjes Lucozade. Maar die heb ik ook pas na een maand zoeken ontdekt.

Weerbericht voor Dunedin

Nog een leuk feitje over hoe de herbouw van Christchurch (na de verwoestende aardbeving van 2011) voor een deel gefinancierd wordt. Op elk pak koffie dat je in de winkel aanschaft, wordt hier 15 NZ-dollarcent extra in rekening gebracht, zeg maar: 10 eurocent. De stad Christchurch (een kilometer of 400 naar het noorden) heb ik nog niet bezocht. Ik ben er alleen overheen gevlogen. Ik ben er wel overgestapt op een binnenlandse vlucht naar Dunedin. Toen ik er 6 maart aankwam vanuit Singapore. Have a nice Eastern. Easter, zeggen ze hier. Kiwi-Engels.

Potato Wedges

VAN WARZONE EUROPA NAAR ANZAC DAY IN NIEUW ZEELAND

Net thuis. En samen met Peter een stevige stew achter de kiezen gewerkt. Natuurlijk behoorlijk gevuld met venisson meat, waarvan de koelkast nog steeds vol zit. Zelfs nieuwe voorraad binnen gekregen. Een hongerwinter gaat het hier niet worden. Dadelijk tijd voor een biertje. En even skypen. 
Een paar uur geleden heb ik een mail verstuurd over de soap van mijn diabetes testapparaat. Een week of wat geleden was ik nog superblij met de snelle service bij de plaatselijke arts (hier general practicer genoemd) en de apotheek. Immers, test-strips zoveel als ik maar wilde bijna. In Nederland was het altijd een hoop gedoe. Hier niet. Een gratis controlemeter werd bijgeleverd. De koning te rijk.
Maar na een paar dagen, en een paar onverwachte hypo's, begon ik in de gaten te krijgen dat de gemeten bloedsuikerwaarden niet echt betrouwbaar waren. En viel ik voor de nacht terug op mijn Hollandse voorraad. Een dag of wat geleden heb ik een bericht ingesproken bij de apotheek. Vanmorgen kreeg ik via voicemail antwoord. De beelden die je erbij ziet heb ik de afgelopen weken gemaakt met mijn mobiel. Uit het vliegtuig en in de omgeving van Dunedin. Het zijn korte filmpjes, maar het gaat natuurlijk om de stem op mijn voicemail. Luister en huiver:

Conclusie: 1. De afwijkingen zijn bekend. 2. Vooral bij temperaturen onder de 5 graden. 3. De waarde is meestal te hoog ingeschat. 4. Probeer er mee te leven, het is niet anders.
Je gelooft je oren niet. Inmiddels heb ik in Australië ander materiaal besteld, maar het duurt een paar weken voordat dat arriveert. Dat geldt voor bijna alles wat je hier uit het buitenland moet laten komen. Ook voor materialen die ik in het lab nodig heb.

Van mijn plan om met Pasen een paar dagen naar het Alpenlandschap bij Queensland te gaan zal waarschijnlijk niet veel terecht komen. Want ik heb het druk. Voor mijn werk in Dunedin, natuurlijk. Maar ook voor de resterende klussen in Wageningen, en de finishing touch aan mijn proefschrift voor Nijmegen. Eigenlijk is het te veel. Maar ik hoop dat het kluswerk voor Nijmegen tijdens de komende feestdagen eindelijk helemaal af zal zijn. Daarna moet alles natuurlijk nog naar de manuscript-commissie. 
Een paar dagen geleden ben ik om 4 uur 's nachts (!!!) opgestaan om een simultaan skypegesprek te voeren met Berkeley (USA) en Wageningen, omdat ik met hen bezig ben aan een aantal gemeenschappelijke onderzoeken en publicaties. Helaas bestaat er nog geen gemeenschappelijke wereldtijd. Slopend.

Niet alleen met Pasen heb ik een aantal dagen 'vrij', maar ook in de week erna. Op 25 april wordt hier ANZAC-Day gevierd. ANZAC staat voor: Australian and New Zealand Army Corps. Een nationale feestdag hier, dus, net als in Australië. Zoiets als Bevrijdingsdag en Dodenherdenking in Nederland. Maar dan tegelijk. Hieronder wat informatie:

ANZAC DAY
Anzac Day occurs on 25 April. It commemorates all New Zealanders killed in war and also honours returned servicemen and women.
The date itself marks the anniversary of the landing of New Zealand and Australian soldiers – the Anzacs – on the Gallipoli Peninsula in 1915. The aim was to capture the Dardanelles, the gateway to the Bosphorus and the Black Sea. At the end of the campaign, Gallipoli was still held by its Turkish defenders.

Thousands lost their lives in the Gallipoli campaign: 87,000 Turks, 44,000 men from France and the British Empire, including 8500 Australians. To this day, Australia also marks the events of 25 April. Among the dead were 2721 New Zealanders, almost one in four of those who served on Gallipoli.
It may have led to a military defeat, but for many New Zealanders then and since, the Gallipoli landings meant the beginning of something else – a feeling that New Zealand had a role as a distinct nation, even as it fought on the other side of the world in the name of the British Empire.

Anzac Day was first marked in 1916. The day has gone through many changes since then. The ceremonies that are held at war memorials up and down New Zealand, or in places overseas where New Zealanders gather, remain rich in tradition and ritual befitting a military funeral.

Ondertussen is het rondom diezelfde Zwarte Zee in Europa opnieuw hommeles. En dreigt er een burgeroorlog, zo niet erger, in Oekraïne. Poetin slijpt de messen. De Krim is al bezet. Nu de rest nog. Hoe het afloopt weet natuurlijk niemand.
Ik volg het nieuws hier wel, vooral via nu.nl, maar erg veel hoor je er niet over in Nieuw Zeeland. Het buitenlandse nieuws is veel meer gericht op Australië en Azië. Veel aandacht is er bijvoorbeeld voor de illegale Aziaten. Ze komen hier een paar maanden fruit plukken en verdwijnen vervolgens. Om wat rond te zwerven. Ook in Dunedin zie je ze wel rondlopen.

De komende dagen ook nog zaken regelen voor mijn nieuwe appartement: elektriciteit, internet, water enz. Anderhalve maand geleden heb ik alles moeten afsluiten in Ede, en nu begin ik weer van voor af aan. Gelukkig heb ik er dubbel glas, en dat zie je niet veel hier. De meeste huizen (ook dat van Peter) worden verwarmd met een zogenaamde heatpump, maar dat werkt niet altijd goed. Het huis van Peter heeft wel nog een open haard. Die is al een paar keer aan geweest. In het appartement is er natuurlijk geen open haard. Bovendien: ik ga geen hout kappen.

RAYMOND MET ZIJN KOP IN DE OTAGO DAILY NEWS, MAAR ZONDER ZIJN PEUKENPOT

Amper een maand in Nieuw Zeeland, of meneer staat op 10 april jl. al met zijn kop in de Otago Daily News.  Het bewuste artikel staat aan het einde van dit bericht. Om met zijn kop in de krant te komen zal hij wel een jonge, blonde PR-dame gestrikt hebben. Hoewel hij dat tot nu toe angstvallig geheim heeft weten te houden. 

Vanmorgen onverwacht weer even geskypt met Raymond. Half tien 's avonds in Dunedin. Het tijdsverschil bedraagt sinds een week 10 uur: zomertijd in Nederland, wintertijd in Nieuw Zeeland. 
Raymond mailt dat hij een sigaret lang tijd heeft om te skypen. Daarna moet hij nog even aan het werk. Sigaretten zijn extreem duur in Nieuw Zeeland, maar blijkbaar levert het ontspanning op aan het einde van de dag. Daar staat hij. Nacht in Peter's Garden. Diep beneden de stadsverlichting van Dunedin. Donker, dus. Alleen het uiteinde van zijn brandende sigaret licht op in het donker.
Nuttig gesprek, want hij leert me in een paar minuten twee dingen: 1. hoe een screenshot te kopiëren in het blog, en 2. hoe een webpagina als platte tekst te plaatsen in het blog. In deze aflevering dus gelijk maar toegepast.

Ik plaats een paar screenshots van zijn peukenpot (ik geloof dat het een lege jampot is: bramen? aardbeien?). Hij moet er wel voor naar binnen lopen. De glazen pot zit na een maand paffen vol. Vraag: hoe moet hij de inhoud van de pot kwijt zien te worden of ongezien van de aardbodem laten verdwijnen? Zomaar leeg kieperen in de voortuin van collega Peter, ligt niet direct voor de hand. Misschien zijn er in zijn lab bacteriën op te kweken? Andere opties heeft hij nog niet overwogen. Ik wel: stoppen met roken.

De andere les probeer ik ook maar gelijk in de praktijk, en plaats daarom het krantenartikel van een paar dagen geleden. Zonder internet-opmaak, als platte tekst. Kijken of het lukt.
Hieronder het artikel van John Gibbs uit de Otago Daily Times van 10 april 2014:

SPOTLIGHT ON BACTERIAL IMMUNE SYSTEM 
Research involving University of Otago scientists has shed new light on a ''surprisingly flexible'' immune system which has enabled bacteria to survive a multibillion-year-long arms race with viruses.
A team co-led by Dr Peter Fineran, of the Otago department of microbiology and immunology, and by scientists from the Netherlands, have been studying the genetic basis of adaptive immunity in E. coli and other bacteria.
Through their recent collaboration, they have found these bacterial immune systems were much more robust and responsive to viruses than previously thought.
Their ''really exciting'' joint findings had appeared in the leading US journal PNAS, Dr Fineran said.

Assistant research fellow Raymond Staals (left) and Dr Peter Fineran, of the University of Otago microbiology and immunology department, continue their research. Photo by Gregor Richardson.

Better understanding the bacterial immune system could eventually help reduce the growth of bacterial resistance in individual patients and could identify new targets for antimicrobial therapies.
The researchers are investigating an adaptive immune system - termed CRISPR-Cas - which is found in half of all bacterial species and in most single-celled microbes in the archaea domain. The system creates a genetic memory of specific past infections by viruses and plasmids.

Plasmids are small DNA molecules that can move between organisms. Dr Fineran said the system stole samples of the invader's genetic material and stored them so it could recognise future exposures and neutralise the attack.
The Otago research showed this detection system could recognise a previously encountered ''invader'', even if later mutation meant the intruder was up to 30% different from before.

This was equivalent to a human being recognised on a security camera during a later visit to a building despite being disguised, such as by wearing sunglasses. It had previously been thought subsequent immune recognition could occur if there was only about a 3% change in appearance by the invader.
''It's a remarkably flexible and robust immune system for such simple single-celled organisms.''
This system reflected the 3.5 billion-year ''co-evolutionary arms race'' between bacteria on one side, and viruses and plasmids on the other, he said.
Dr Fineran's research was supported by a Rutherford Discovery Fellowship from the Royal Society of New Zealand.

HET NACHTLEVEN IN: GEEN KATE EN WILLIAM

Het aanstaande Engelse koningskoppel Kate en William maakt een drieweekse trip door Australië en Nieuw Zeeland. Beide landen zijn immers nog onderdeel van de Britse Commonwealth, zeg maar: het restant van het roemruchte koloniale Britse wereldrijk. De Royals zijn vandaag (zondag 13 april) in Dunedin, o.a. om er om 11 uur 's morgens een kerkdienst in de Saint Paul's Cathedral bij te wonen. De hele stad is er voor op de been. En de veiligheidsmaatregelen mogen dan wel niet Obamiaans zijn (ze hebben geen 'Beast' tot hun beschikking), ze zijn nog altijd fors. Maar Raymond zal Kate & William moeten missen. Laat geworden de nacht ervoor. Desalniettemin staat hij als we zondagmorgen als we met hem skypen (in Dunedin is het dan inmiddels 21.00 uur) met een fles Mac's Hop Rocker Pilsner aan zijn mond.

Hij heeft het druk met de afwerking van zijn proefschrift, waarvoor hij nog een paar ontbrekende files moet zien op te sporen. Maurice krijgt de opdracht zijn oude computer (staat nu op de a.s. babykamer) door te vlooien. En ook in Wageningen zal hij wat ex-collega's voor Sherlock Holmes laten spelen. Kortom, reden genoeg om het niet al te laat te maken op zaterdagavond - "een aantal vage café's in kleine steegjes", noemt hij het. Hoewel het toch nog half twee wordt. Hij laat zich per taxi naar Barclay Street vervoeren, waar Peter al op 1 oor ligt te snorren. 

Collega Peter UND....

Hij geeft in een mail aan wat foto's van zijn nachtelijke escapade door te sturen. In een vervolgmail meldt hij dat hij niet altijd zijn flits gebruikt heeft, waardoor het beeld compleet op zwart ging. Ja, daar hebben we hier natuurlijk niks aan. Wie de meedrinkende lady is, onthult hij tijdens het skype gesprek van zondagmorgen: een Duits-Poolse collega. Beweert hij. Een paar dagen eerder heeft hij al aangekondigd dat een andere Duitse tijdelijk onderdak bij hem zal gaan vinden als hij zijn appartement aan de Duncan Street bewoont. Anne noemt hij haar, een collega die nog ingevlogen wordt uit Wageningen. Wij houden het hier voorlopig op de wetenschappelijke mutatie van Eva Braun. Als ze maar goed kan koken, zouden ze voor de oorlog gezegd hebben.

Nighthawks

Een kopie uit de krant Hello Daily News van 13 april 2014 over het bezoek van Kate en William. Het bericht is ingekort.

Kate hugs delighted fan as she and Prince William arrive in Dunedin

Prince William and Kate were treated to a traditional welcome when they arrived in the city of Dunedin on Sunday morning.
Members of the Ngai Tahu iwi were on hand to welcome the Duke and Duchess of Cambridge when they landed in New Zealand's South Island for the second time during their royal tour of the Antipodean country.
William and Kate then left Dunedin Airport and made their way to a Palm Sunday church service at the grand St Paul's Cathedral in the city centre.
After the service the royals will make their way to the Forsyth Barr stadium, also known as 'the glasshouse', to watch and participate in the Rippa Rugby tournament with the New Zealand All Blacks.

BERICHTEN UIT HET OTAGO LAB

Sinds vandaag heb ik mijn eigen computer in het lab van de University of Otago. Meer dan een maand lang heb ik me bij mijn werk moeten behelpen met de kleine Asus Notebook van mijn vader. Dus ook 's avonds als ik in Peter's home aan het werk was. Ded's device heeft inmiddels bijna de hele wereld gezien. Niet alleen tot twee keer toe in de fietstas tijdens zijn camino naar Santiago de Compostela. Of een maand lang op on the road trip in 2012 van mum&ded door California, Nevada, Utah en Arizona, en al hun andere trips. Maar ook zelf ik heb de afgelopen jaren de Asus zelf meer dan eens meegenomen; o.a. naar Seattle en Malaga. 

Misschien doet dit blog anders vermoeden, maar ik ben hier toch echt om te werken aan de Otago University. Omdat ded naar de bewijzen (= foto's) van mijn werkplek vroeg, laat ik er in deze aflevering een aantal zien. Ik heb het zelfs druk: meetings, vergaderingen, laboratoriumwerk, werken aan publicaties en ga zo maar door. Ben dus erg blij dat ik vanaf nu een stevige computer voor mezelf heb. Binnenkort verschijnt er hier in plaatselijke pers een artikel met o.a. mijn kop daarin afgebeeld. 

Verder is nu onze PNAS publicatie online gekomen. Daarvoor veel volk over de vloer gehad. Het eerste nieuwsreport staat al online. Maar lees ook even mee in het volgende artikel, en focus je met name op de laatste alinea.

Tuesday, 8 April 2014
Press Release: University of Otago

Otago research sheds new light on key bacterial immune system

New insights into a surprisingly flexible immune system present in bacteria for combating viruses and other foreign DNA invaders have been revealed by researchers from the University of Otago and the Netherlands.
A team led by Dr Peter Fineran of the Department of Microbiology and Immunology are studying the genetic basis of adaptive immunity in bacteria that cause potato 'soft rot' and in E. coli bacteria. Through their recent collaboration they have found that these bacterial immune systems are much more robust and responsive than previously thought.

Their latest findings, which appear in the leading US journal PNAS, have implications for improving our understanding of bacterial evolution, including the spread of antibiotic resistance genes.
The researchers are investigating an adaptive immune system, termed CRISPR-Cas, which is found in half of all bacterial species and in almost all single-celled microbes in the archaea domain.
CRISPR-Cas’s role in providing immunity was only discovered in the past decade. The system creates a genetic memory of specific past infections by viruses and plasmids, which are small mobile DNA molecules that can move between organisms.


Dr Fineran says the system steals samples of the invader’s genetic material and stores them in a memory bank so it can immediately recognise future exposures and neutralise the attack. It can store up to 600 samples and can also pass on these memories to subsequent generations of bacteria.
It had been thought that the system had an Achilles heel because invaders that had acquired too many mutations could no longer be recognised as they did not match the stored sample closely enough.
“What we have now discovered is that while the viruses and plasmids can evade direct recognition by acquiring multiple mutations, the system is primed to quickly generate a new immunity by grabbing a new sample of the mutated genetic material.”
“It’s a remarkably flexible and robust immune system for such simple single-celled organisms.”

Dr Fineran says the system reflected the ancient and continuing co-evolutionary arms race between bacteria on one side, and viruses and plasmids on the other.
Viral infections of bacteria also exert a powerful yet invisible effect on the entire planet, says Dr Fineran.
“Their silent but vast and ongoing war underpins everything from how global nutrient cycles—which rely on bacteria to produce half of the Earth’s biomass —operate, to how human pathogens evolve,” he says.
“For example, the bacteria that cause cholera and diphtheria have been infected by viruses that provide genes coding for toxins, which converted these bacteria into significant human pathogens.”

Plasmids are also key players in moving antibiotic resistance genes between different bacterial species.
“So, discovering more about exactly how bacterial immune systems combat plasmid transfer and acquisition is of considerable interest,” he says.
Dr Fineran’s research was supported by a Rutherford Discovery Fellowship from the Royal Society of New Zealand and his co-authors include researchers from several institutions in the Netherlands. One co-author, Raymond Staals, has recently joined Dr Fineran’s Laboratory under a Division of Health Sciences Career Development Post-doctoral Fellowship.

Zo dat is het weer voor deze keer. Wat je op de laatste foto ziet, zijn virussen die alle bacteriën hebben gedood, behalve een paar bijzondere (de lege plekken). Deze bacterië hebben namelijk een CRISPR systeem.